- Bệnh nhân bị dị ứng một hoặc nhiều chất có trong thành phần của thuốc do yếu tố cơ địa. Điều này xảy ra tương tự như đối với tân dược. Tuy nhiên vì thuốc YHCT thường là một hỗn hợp gồm rất nhiều chất khác nhau nên rất khó xác định dị nguyên cụ thể.

- Bệnh nhân dùng quá liều (do tự ý hoặc do thầy thuốc chỉ định) loại thuốc YHCT mà trong thành phần có một hoặc nhiều vị có độc như bán hạ, phụ tử, mã tiền, hoàng nàn...

- Do trình độ hoặc do khám xét không kỹ, thầy thuốc đã kê đơn cho bệnh nhân dùng loại thuốc YHCT mà lẽ ra là phải chỉ định đối với người bệnh.

- Do chất lượng thuốc không bảo đảm vì trồng trọt chăm bón quá nhiều hóa chất có hại, bảo quản không tốt (dùng quá nhiều lưu huỳnh...), bào chế sai quy cách hoặc vì bị nhiễm vi sinh vật có hại, đặc biệt là các loại nấm mốc dễ gây dị ứng.

- Do nhầm lẫn dược liệu khi thu hái, mua bán và sử dụng. Điều này có thể do người bệnh tự dùng, do nhân viên y tế cân thuốc cẩu thả hoặc do gian thương cố tình đánh tráo để trục lợi (ví như dùng thương lục để làm giả nhân sâm).

- Do bệnh nhân không tuân thủ đúng hướng dẫn của thầy thuốc về cách sắc, cách uống, liều lượng và quy trình điều trị.

- Do người bệnh được dùng phối hợp quá nhiều loại thuốc, trong đó có cả tân dược và thuốc YHCT, nên dẫn đến sự tương tác và sản sinh những chất có hại cho cơ thể. Đây là một vấn đề rất phức tạp mà người thầy thuốc dễ bỏ qua và người bệnh cũng dễ tự ý dùng thêm với mong muốn bệnh tình nhanh thuyên giảm...