Mặc dù đạt nhiều kết quả quan trọng, tuy nhiên, công tác phòng, chống ma tuý, mại dâm và HIV/AIDS hiện vẫn tồn tại một số hạn chế như: công tác tuyên truyền chưa thực sự sâu rộng và thường xuyên đến được các đối tượng có nguy cơ cao; vẫn chưa thực hiện được yêu cầu ngăn chặn nguồn ma tuý từ nước ngoài; tiềm ẩn về tội phạm ma tuý trong nội địa còn lớn; số người người nghiện có giảm nhưng chưa có cơ sở vững chắc; kết quả phòng, chống mại dâm chưa bền vững, tệ nạn mại dâm mới chỉ giảm ở bề nổi...

Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Quốc Triệu nhấn định, mặc dù dịch HIV có xu hướng chững lại và không tăng nhanh như những năm trước đây, nhưng về cơ bản vẫn chưa khống chế được dịch. Các yếu tố nguy cơ làm bùng nổ dịch vẫn chưa được kiểm soát như: hành vi quan hệ tình dục không sử dụng bao cao su, tiêm chích ma tuý vẫn còn cao ở một số tỉnh, thành phố...

Bộ trưởng Nguyễn Thị Kim Ngân cho biết, trên địa bàn cả nước hiện nay có gần 180 tụ điểm mại dâm, trong đó có nhiều điểm hoạt động phức tạp vẫn chưa được xử lý hoặc xử lý chưa dứt điểm. Tệ nạn mại dâm, buôn bán phụ nữ và trẻ em khu vực cửa khẩu, vẫn diễn biến phức tạp. Có  tới khoảng 40-55% trung tâm không có đủ điều kiện về cơ sở vật chất để đảm bảo quy trình cai nghiện và tổ chức các hoạt động dạy văn hóa, dạy nghề và tổ chức lao động sản xuất cho học viên trong thời gian chữa trị, cai nghiện tại trung tâm. Trong toàn quốc hiện mới quản lý, cai nghiện cho 45.261 lượt người nghiện.

Tại Hội nghị, báo cáo tham luận của một số địa phương cho thấy những hạn chế trong việc phòng chống ma tuý, mại dâm và HIV/AIDS là do lực lượng chuyên trách còn mỏng, thiếu điều kiện kỹ thuật và tài chính; trong khi hệ thống chính quyền cơ sở chưa thực sự dồn tâm huyết vào nhiệm vụ này, nhất là các xã vùng biên giới...

Tăng cường công tác thanh, kiểm tra, xử lý vi phạm các tụ điểm mại dâm

Theo Bộ trưởng Nguyễn Thị Kim Ngân, năm 2009 sẽ kiên quyết xử lý những cán bộ có trách nhiệm để tệ nạn mại dâm phát sinh trên địa bàn mình quản lý và tăng cường công tác thanh, kiểm tra, xử lý vi phạm với mục tiêu giảm 80% số tụ điểm mại dâm ở nơi công cộng xử lý 100% số vụ việc, đường dây hoạt động mại dâm. Công tác cai nghiện cũng sẽ tiếp tục được tăng cường, đẩy mạnh, tạo sự chuyển biến mạnh mẽ cả về số lượng, chất lượng và hiệu quả với chỉ tiêu đặt ra là sẽ cai nghiện mới cho 40-50% tổng số người nghiện có hồ sơ quản lý, dạy nghề, tạo việc làm cho 30-40% số người cai nghiện ở cả Trung tâm và cộng đồng, phấn đấu giảm tỷ lệ tái nghiện từ 8-10% trong năm 2009 .

Bộ Y tế sẽ tiếp tục, mở rộng các loại hình truyền thông trực tiếp, lấy tuyến xã làm trọng tâm và phát động phong trào “Toàn dân tham gia phòng chống HIV/AIDS tại cộng đồng dân cư”; Tăng cường chất lượng các dịch vụ can thiệp dự phòng, tư vấn xét nghiệm tự nguyện, xét nghiệm HIV cũng như tăng kinh phí cho các xã phường trọng điểm của chương trình HIV/AIDS...

Bộ Công an sẽ chỉ đạo tổng ra soát, đánh giá thực trạng người nghiện ma tuý, mở đợt cao điểm phòng chống ma tuý vào cuối Quý II, đầu Quý III/2009; chỉ đạo tấn công trấn áp tội phạm ma tuý, tập trung vào địa bàn trọng điểm.