Chùa lấy dòng sông Lô uốn khúc làm tiền minh đường, lại có dãy núi cao Tràng Đà làm bức bình phong, phía sau lấy núi Cố làm hậu chẩm, tất cả tạo nên một thế đất “rồng cuộn, hổ chầu”. Ở thế đất địa linh, sơn kỳ, thuỷ tú, phong cảnh hữu tình, chùa đã được tôn thêm vẻ đẹp thanh tao thoát tục gắn kết giữa cảnh sắc thiên nhiên của tạo hoá với bàn tay con người.

Vẻ đẹp của ngôi chùa còn ẩn chứa ở những pho tượng Phật với nhiều kiểu dáng khác nhau, đó là sản phẩm của nghệ thuật điêu khắc thế kỷ XIX. Trước đây chùa có quy mô kiến trúc xây dựng khá lớn, trải qua bao biến thiên của lịch sử, ngôi chùa đã qua nhiều lần trùng tu sửa chữa mới như ngày nay. Khởi nguyên chùa được xây dựng theo kiến trúc kiểu chữ đinh, mang phong cách của thời Nguyễn. Phía trước là cổng tam quan, gồm có không quan, trung quan và giả quan. Theo triết lý của nhà Phật thì tam quan là ba lối nhìn, ba điều xem, ba điều sát để đi vào cõi Phật. Gian bên trái của toà tiền đường là nơi thờ tượng Đức ông, gian bên phải thờ đức Thánh Tăng, hai bên gian giữa của toà tiền đường tạo thành hình chữa đinh, giữa toà thượng điện là tam bảo trùng tâm của Phật điện; phía trước tam bảo là toà thiêu hương là nơi để các sư, sãi tụng kinh niệm phật.

Chùa Trùng Quang hiện bảo lưu nhiều nét sinh hoạt văn hoá truyền thống dân gian, lưu giữ nhiều di vật, hiện vật giúp cho các nhà khoa học nghiên cứu về lịch sử, văn hoá, phong cách kiến trúc, nghệ thuật. Hiện nay trong chùa còn giữ được 4 pho tượng cổ, và 2 quả chuông đồng to. Trong khuôn viên chùa vẫn còn một cây nhãn có tuổi đời gần 100 năm tuổi. Chùa quay mặt ra phía sông Lô, lại nằm ở thế đất thanh tịnh, đối với người dân lên chùa lễ Phật là đến cõi tâm linh, mà ở đó là điểm hội tâm gắn kết cộng đồng, giúp cho người ta gác lại mọi lo toan nhọc nhằn của cuộc sống thường ngày, tận hưởng những giây phút thanh nhàn, qua đó hướng con người tới chân, thiện, mỹ. Vì thế chùa Trùng Quang còn là một điểm tham quan hấp dẫn du khách ở thị xã Tuyên Quang.

Với ý nghĩa khoa học, văn hoá, nghệ thuật kiến trúc của ngôi chùa, ngày 19/11/2007, Uỷ ban nhân dân tỉnh đã xếp hạng di tích chùa Trùng Quang là di tích kiến trúc nghệ thuật cấp tỉnh.