Nguyễn Quang Thường khai sở dĩ có việc lập hai văn bản thỏa thuận phân chia lại công việc giữa PTSC và Viện Corall có nội dung khác hẳn so với hợp đồng nguyên tắc được hai bên ký ngày 25-5-1999 (gọi tắt là hợp đồng 25-5) khi liên danh đấu thầu dự án nhà block 140 chỗ là do hợp đồng nguyên tắc có nhiều điểm không thuận lợi cho PTSC trong quá trình thi công.

Khi được hỏi thỏa thuận lại công việc nói trên có báo cho chủ đầu tư (VSP) biết không, bị cáo Thường cho rằng đây là công việc nội bộ của liên danh PTSC/Corall, không ảnh hưởng gì đến công trình nên không báo cho VSP biết. Tòa hỏi tiếp, nếu nhà đầu tư biết có sự thay đổi này thì liệu liên danh PTSC/ Corall có được tiếp tục trúng thầu và thi công không? Bị cáo Thường cho rằng nếu chủ đầu tư biết thì có thể họ xem xét vấn đề này. Tòa gút lại vấn đề: "Mục đích chính của việc sửa đổi hợp đồng 25-5 là gì?". Bị cáo trả lời: để tạo điều kiện thuận lợi cho PTSC trong quá trình thi công dự án.

Bị cáo Thường còn khai việc đàm phán, thỏa thuận lại với phía Corall trong hai văn bản ngày 10 và 14-11-1999, bị cáo không thực hiện mà giao cho cấp dưới là Nguyễn Mạnh Hùng và Cao Duy Chính làm. Hùng được chủ tọa gọi lên xét hỏi và trả lời rằng, đầu năm 2000, bị cáo được giao cho việc dự thảo văn bản sửa đổi theo sự chỉ đạo trực tiếp của Nguyễn Quang Thường. Trong văn bản sửa đổi này, nội dung mua sắm thiết bị vật tư kỹ thuật của PTSC được giao cho Corall làm . Hùng khai bản thỏa thuận này được soạn thảo xong vào tháng 4-2000, nhưng được ghi lùi ngày lại là 10-11-1999 là để cho phù hợp với hồ sơ dự thầu. HĐXX cho rằng việc ký lùi này tạo tiền đề cho việc thiết lập hợp đồng 02 sau này vào tháng 4-2000. Hợp đồng này được HĐXX chỉ rõ là họp đồng giả con dấu và chữ ký của Viện Corall. Sau khi có hợp đồng này, Corall chuyển phần mua vật tư thiết bị cho Interpet Việt Nam của Trần Quang. Và từ đó Quang đã "múa" ra các phụ lục, hóa đơn chứng từ nâng khống giá thiết bị, vật tư để rút tiền nhà nước. Theo công bố của chủ tọa phiên tòa, đơn cử chỉ một dàn bơm treo, thực tế mua của nhà máy Z751 Bộ Quốc phòng chỉ 200 triệu đồng, nhưng Quang đã nâng lên hơn 100 ngàn USD.

Cao Duy Chính, người soạn thảo bản thỏa thuận ngày 14-11-1999 khi được Tòa gọi lên, cho rằng bản thỏa thuận ngày 14-11-1999 đã được soạn thảo cuối tháng 4-2000 chứ không đúng như thời điểm ghi trong biên bản. Tòa chất vấn vì sao lại phải ký lùi ngày, Chính cho rằng đây chỉ là phần kỹ thuật cho phù hợp với trình tự của hợp đồng 02 (ký vào năm 2000). Chính còn cho rằng lẽ ra, về nguyên tắc văn bản này phải có khi ký hợp đồng 02, nhưng vì làm không kịp nên mới ký lùi ngày bổ sung hồ sơ. Tòa đặt vấn đề, nếu bị cáo cứ soạn thảo xong ngày nào ký ngày đó thì có vấn đề gì không? Chính cho rằng bị cáo không nhận thực được vấn đề nay, nếu dự án không bị gì thì cũng chẳng ai đặt vấn đề việc ký lùi ngày.

Bị cáo Dương Quốc Hà (thời điểm đó là chủ đầu tư), khi được Toà hỏi có biết việc thay đổi nội dung thỏa thuận giữa PTSC và Corall không, đã cho rằng không được phía liên danh PTSC/Corall thông báo gì về vấn đề này. Tòa hỏi tiếp: "Nếu biết có sự thay đổi này thì chủ đầu tư có chấp nhận không?" Hà trả lời rằng nếu biết có thay đổi thì không chấp nhận bởi lẽ, thẩm quyền phê duyệt sự thay đổi này thuộc Thủ tướng Chính phủ.

Còn Trần Quang khi được hỏi có biết nội dung của hợp đồng 02 không đã trả lời là không biết. Trên thực tế, sau khi có 2 thỏa thuận xong, theo đó phần mua thiết bị vật tư chuyển từ PTSC sang Corall, thì có sự xuất hiện của hợp đồng 02 và 03 thay thế bản hợp đồng nguyên tắc 25-5. Sau khi bản hợp đồng soạn xong, Trần Quang đã đưa cho Nguyễn Lai Phong (theo hồ sơ vụ án lúc đó là Phó Giám đốc Interpet Việt Nam) đưa sang Corall ký nhưng bị từ chối. Phong về báo làm cho Quang biết và bị cáo này đã điện sang Nga báo cho Mác-xim việc này. Mác-xim hứa với Quang là sẽ thuyết phục Corall ký vào hợp đồng 02 nhưng không được. Từ đó, Quang đã trao đổi với Mác xim việc chuyển con dấu giả Viện Corall về Việt Nam cho Phong. Khi hợp đồng 02 được Nguyễn Quang Thường ký tên đóng dấu cho bên PTSC Quang chuyển cho Phong để giả chữ ký của lãnh đạo Viện Corall và đóng dấu giả vào. Sau khi hợp đồng 02 được ký, toàn bộ công việc mua sắm thiết bị vật tư được chuyển từ Corall sang cho Interpet Việt Nam cung cấp thiết bị dưới danh nghĩa là nhà thầu phụ cung cấp vật tư cho Corall để chuyển cho PTSC thi công lắp ráp công trình. Số tiền mua vật tư thiết bị được PTSC chuyển vào tài khoản của Leverton tại ngân hàng Deustche Bank chi nhánh TP Hồ Chí Minh - là Công ty của Quang và Mác-xim thành lập. Tòa đặt vấn đề vì sao Interpet Việt Nam cung cấp vật tư cho Corall, nhưng PTSC chuyển tiền thẳng vào tài khoản của Công ty Leverton mà không qua Corall? Quang cho rằng điều này đã được hợp đồng 02 quy định: "Việc chuyển tiền vào tài khoản của Công ty nào là do nhà thầu chỉ định". Đến đây mới vỡ lẽ một điều rằng, việc chuyển tiền sang Leverton đã được các bị cáo chuẩn bị.