Theo quy định tại điểm 2.2 mục VII phần C Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22-12-2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 164/2003/NÐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) quy định về thủ tục kê khai, nộp thuế TNDN từ chuyển quyền sử dụng đất, thì đối với tổ chức chuyên kinh doanh nhà, đất, kết cấu hạ tầng, vật kiến trúc trên đất: Thực hiện kê khai, nộp thuế, quyết toán thuế theo hướng dẫn tại phần D Thông tư này.

Trong đó quy định nếu các cơ sở kinh doanh có đơn vị trực thuộc hạch toán độc lập hoạt động kinh doanh khác địa phương với trụ sở chính thì các đơn vị hạch toán độc lập có nghĩa vụ kê khai, nộp thuế, quyết toán thuế riêng. Ðối với các đơn vị hạch toán báo sổ phụ thuộc cơ sở kinh doanh chính chỉ đăng ký thuế tại địa phương, không có nghĩa vụ kê khai thuế, nộp thuế tại địa phương; cơ sở kinh doanh chính có nghĩa vụ kê khai, nộp thuế, quyết toán thuế phần kinh doanh của mình và của các đơn vị hạch toán phụ thuộc báo sổ.

Thực hiện quy định nêu trên, hiện nay có nhiều địa phương vướng mắc trong trường hợp cơ sở phụ thuộc hạch toán báo sổ ở khác địa phương với trụ sở chính có phát sinh hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, theo quy định thì phần thuế TNDN được cơ sở chính có nghĩa vụ kê khai, nộp chung. Trong khi đó thẩm quyền cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất lại ở địa phương nơi có đất chuyển nhượng. Vì thế, nếu muốn được thuận lợi trong việc cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, thì các cơ sở phụ thuộc phải hạch toán độc lập. Nhưng, khi các cơ sở này có hạch toán được độc lập thì thời gian để được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cũng không thể diễn ra nhanh chóng, vì muốn thực hiện được thủ tục chuyển quyền sử dụng đất các cơ sở này phải được kiểm tra quyết toán thuế trước. Ở một địa phương số lượng doanh nghiệp được kiểm tra quyết toán thuế hằng năm chưa đến 20% số doanh nghiệp quản lý.

Thực tế hiện nay, các cơ sở phụ thuộc không phải đơn vị nào cũng thực hiện được việc hạch toán độc lập, vì thế khi hạch toán báo sổ các đơn vị này cũng phải nộp thuế TNDN tại địa phương nơi có đất chuyển nhượng. Nếu thực hiện như vậy thì không đúng với quy định về kê khai nộp thuế TNDN, nhưng nếu không nộp thuế thì cơ quan cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất ở địa phương đó không thể thực hiện được viêc cấp giấy chứng nhận. Cho nên, các đơn vị này phải lựa chọn cách nộp thuế TNDN tại địa phương nơi có đất chuyển nhượng, nhưng để xác định được số thuế TNDN gắn với phần đất chuyển nhượng thì hiện nay chưa có quy định nào hướng dẫn trong trường hợp này.

Với các vướng mắc trên, hiện nay không ít trường hợp các cơ sở kinh doanh địa ốc và các cơ quan có chức năng ở địa phương gặp không ít khó khăn trong quản lý thu, nộp thuế TNDN từ chuyển quyền sử dụng đất, vướng mắc này cần được hướng dẫn cụ thể hơn như đã nêu trên.