Tình trạng phổ biến của các hộ, cơ sở sản xuất nghề ở nông thôn là sử dụng ngay diện tích ở làm nơi sản xuất. Khi quy mô sản xuất tăng lên hoặc sử dụng thiết bị, hóa chất đã làm cho môi trường sống bị ô nhiễm nặng nề, nhất là ở các làng nghề tái chế phế liệu và chế biến thực phẩm. Cho đến nay, phần lớn nước thải tại các làng nghề đều thải thẳng ra ngoài không qua bất kỳ khâu xử lý nào.

Phân tích nước thải của một số làng nghề cho thấy chất lượng môi trường nước ở đây rất đáng lo ngại. Chất lượng nước ngầm tại các làng nghề chế biến nông sản thực phẩm phần lớn đều có dấu hiệu bị ô nhiễm với hàm lượng COD, TS, NH4+ trong nước giếng cao. Nước giếng của làng Tân Độ và Ninh Vân nhiễm vi khuẩn coliform. Nước giếng của làng nghề sản xuất nước mắm Hải Thanh (Thanh Hóa) hàm lượng COD lên tới 186 mg/l... Nước thải này tồn đọng ở cống rãnh thường bị phân hủy yếm khí gây ô nhiễm không khí và ngấm xuống lòng đất gây ô nhiễm môi trường đất và suy giảm chất lượng nước ngầm. Người dân ở những nơi này phải mua nước ngọt từ nơi khác để sử dụng.

Đối với môi trường không khí, nguồn gây ô nhiễm đặc trưng nhất của làng nghề chế biến nông sản thực phẩm là mùi hôi thối do sự phân hủy của các hợp chất hữu cơ có trong chất thải rắn và nước thải từ các cống rãnh, kênh mương. Quá trình phân giải yếm khí các chất hữu cơ sinh ra các khí độc rất ảnh hưởng đến sức khỏe người dân làng nghề. Đặc biệt phải kể đến các làng nghề sản xuất nước mắm, do phơi ngoài trời nên mùi hôi, tanh khắp cả làng rất khó chịu. Một nguồn gây ô nhiễm không khí nữa là bụi nguyên liệu phát tán trong không khí. Chẳng hạn như bụi trà tại các làng nghề chế biến trà hương rất mịn và rất dễ xâm nhập vào cơ thể người gây ảnh hưởng đến đường hô hấp. Chưa kể, nhiên liệu chủ yếu phục vụ sản xuất ở các làng nghề là than, củi. Với nhu cầu nhiên liệu rất lớn, bụi, khí thải sinh ra do đốt nhiên liệu than củi là nguồn gây ô nhiễm chính tới môi trường không khí.

Kết quả điều tra y tế tại các làng nghề chế biến nông sản thực phẩm cho thấy 8 - 30% người dân có bệnh về đường tiêu hóa, 4,5 - 23% bệnh viêm da, 6 - 18% bệnh đường hô hấp, 13 - 38% phụ nữ làng nghề mắc bệnh phụ khoa... Tỷ lệ mắc bệnh nghề nghiệp ở làng nghề Dương Liễu - Hà Tây, làng bún bánh Vũ Hội - Thái Bình là 70%, làng bún Phú Đô, làng rượu Tân Độ là 50%, làng bún bánh Yên Ninh, nước mắm Hải Thanh là 10%.

Nguy hiểm nhất là tại các làng nghề tái chế. Người dân ở đây đang phải sống trong môi trường hết sức ô nhiễm. Đối với các làng nghề tái chế giấy, ô nhiễm chủ yếu từ nước thải ở các công đoạn ngâm tẩm, nấu và nghiền nguyên liệu cũng như công đoạn xeo giấy. Tính riêng hai làng nghề Dương Ồ và làng Phúc Lâm mỗi ngày thải vào nguồn nước mặt khoảng 1.450 - 3.000 kg COD và hơn 3.000kg bột giấy. Đối với môi trường không khí, ô nhiễm chủ yếu ở các làng nghề tái chế giấy là bụi, hơi kiềm, Cl2 do dùng nước Javen để tẩy trắng và hơi H2S. Tại một số vị trí sản xuất, hàm lượng Cl2 vượt tiêu chuẩn cho phép tới ba lần, hơi H2S tại các bãi rác, cống rãnh vượt tiêu chuẩn cho phép 1 - 3 lần.

Tại các làng nghề tái chế nhựa, do đặc thù nguyên liệu thu gom từ nhiều nguồn và đều là nhựa phế thải có dính nhiều tạp chất, nên trong quá trình công nghệ sử dụng rất nhiều nước để rửa phế liệu. Lượng nước này ước tính khoảng 20 - 25 m3/tấn nhựa phế liệu. Tính riêng làng nghề tái chế giấy Minh Khai hằng năm thải ra khoảng 455 nghìn m3 nước thải. Thành phần của nước thải này rất phức tạp, vì chứa nhiều loại hợp chất vô cơ, hữu cơ bám dính trên nhựa trong quá trình sử dụng, trong đó có cả các chất độc hại (từ bình chứa thuốc trừ sâu, hóa chất,...), vi sinh vật gây bệnh. Trong công nghệ tái chế nhựa, khí ô nhiễm phát sinh từ công đoạn gia nhiệt trong quá trình tạo hạt, đùn túi làm nhựa cháy sinh khí độc như HCl, HCN, CO, HC. Ngoài ra, quá trình phân hủy các tạp chất dính trên nhựa trong khâu thu gom cũng phát sinh khí ô nhiễm. Bụi cũng là chất ô nhiễm đáng quan tâm, phát sinh từ khâu xay nghiền, phơi, thu gom, phân loại và từ các cơ sở dùng than để gia nhiệt trong quá trình sản xuất.

Đặc biệt, ô nhiễm không khí tại các làng nghề tái chế kim loại cũng rất nghiêm trọng. Bụi trong không khí phát sinh từ khâu phân loại, gia công sơ bộ, tẩy gỉ, nấu, cán, kéo, đặc biệt là khu vực bên cạnh các lò đúc thép, hàm lượng bụi vượt tiêu chuẩn cho phép tới 10-15 lần. Tại các làng nghề này, bụi thường có chứa kim loại mà chủ yếu là ô-xít sắt nồng độ lên tới 0,5mg/m3 làm cho không khí có mùi tanh. Trong không khí tại các làng nghề này luôn phát hiện được hơi hóa chất độc hại như Cl, HCN, HCl, H₂SO₄, SO₂, CO, NO tuy hàm lượng nhỏ nhưng có mặt thường xuyên trong không khí gây ảnh hưởng đáng kể đến sức khỏe cộng đồng.

Ô nhiễm từ các làng nghề tái chế thuộc mức độ ô nhiễm nặng. Do việc thu gom và thải bỏ bừa bãi, nên ảnh hưởng đến môi trường sinh thái và sức khỏe người dân rất nghiêm trọng. Hầu hết các ao hồ trong các làng nghề không thể nuôi được cá, do đã tiếp nhận một lượng nước thải khá lớn từ hoạt động sản xuất với nồng độ ô nhiễm cao, vượt quá khả năng tự làm sạch của môi trường và do rác thải bừa bãi gây bồi lắng và cản trở dòng chảy của nước sông hồ. Đã có đoàn khảo sát thuê trẻ em trong làng Vân Chàng bắt các thủy động vật trên cả đoạn sông một km chảy qua làng mà không bắt được một sinh vật sống nào. Kết quả điều tra cho thấy tỷ lệ mắc bệnh nghề nghiệp ở các làng nghề tái chế cao hơn các làng không sản xuất từ 15 - 25%, tỷ lệ mắc bệnh ở trẻ em và phụ nữ từ 30 - 45%. Trẻ em, phụ nữ trong làng, chủ yếu bị các bệnh về đường hô hấp, viêm phế quản, viêm phổi (ở trẻ em), viêm phụ khoa (ở phụ nữ). Tuổi thọ trung bình ở các làng nghề này thấp, chỉ đạt 55 - 65 tuổi. Các bệnh dịch như tiêu chảy, đau mắt đỏ, ngộ độc ngày một tăng, đặc biệt tại các làng nghề tái chế kim loại.

Vài năm gần đây, đã có một số đề tài tập trung nghiên cứu nhằm cải thiện môi trường làng nghề và đã đem lại những hiệu quả bước đầu. Làng gốm Bát Tràng bằng việc đầu tư, đổi mới các công nghệ và thiết bị mới "thân thiện" với môi trường, áp dụng các giải pháp sản xuất sạch hơn môi trường đã có sự cải thiện rõ rệt. Tuy nhiên, theo các nhà khoa học, để giải quyết tốt tình trạng này cần phải có những chính sách từ phía Nhà nước, tổ chức hệ thống quản lý môi trường làng nghề từ quy mô cấp tỉnh, huyện, xã tới thôn xóm, đưa ra các chính sách quản lý môi trường phù hợp với điều kiện cụ thể của từng địa phương, kể cả những quy định về đóng góp đối với các hoạt động phát sinh hoặc giảm thiểu ô nhiễm... Cùng với đó, cần nâng cao dân trí cho dân làng nghề để họ hiểu được những tác hại của việc suy giảm chất lượng môi trường sống do hoạt động sản xuất nghề, qua đó người dân sẽ có ý thức bảo vệ môi trường làng nghề.