Ngày 21-12-2002, sau năm tháng tiến hành thanh tra công trình tuyến ống, kho cảng LPG Thị Vải, đoàn thanh tra đã tổ chức công bố dự thảo kết luận cho Tổng công ty Dầu khí Việt Nam (Petro VN) với sự tham dự của lãnh đạo Thanh tra Nhà nước (nay là Thanh tra Chính phủ). Bên cạnh các kiến nghị xử lý về kinh tế và hành chính, đoàn thanh tra kiến nghị xử lý truy cứu trách nhiệm hình sự đối với ông Bì Văn Tứ (Phó giám đốc Công ty PVGAS, Phó giám đốc Ban quản lý dự án kho cảng LPG) và ông Đậu Hồng Lạc (Phó giám đốc Ban quản lý dự án kho cảng LPG).

Đoàn thanh tra cũng kiến nghị chuyển hồ sơ hai vụ việc làm trái quy định pháp luật về nhận thầu và quản lý kinh tế đối với hai doanh nghiệp khác sang cơ quan điều tra để làm rõ theo quy định của pháp luật. Đó là vụ làm trái quy định khi được chỉ định thầu và quản lý kinh tế tại Công ty Thiết bị điện tử giao thông vận tải (TRAECO) thuộc Tổng công ty Công nghiệp tàu thủy và vụ việc tại Công ty Thiết bị vật tư du lịch thuộc Tổng cục Du lịch. Ngoài ra, dự thảo còn kiến nghị thu về ngân sách nhà nước hơn 135,6 tỷ đồng và kiến nghị xuất toán khỏi quyết toán chi phí đầu tư công trình 13,3 tỷ đồng.

Sau khi dự thảo kết luận được công bố, Petro VN tiếp tục giải trình để đoàn thanh tra ra kết luận cuối cùng. Trong bản giải trình, Petro VN đề nghị đoàn thanh tra xem xét không (chuyển hồ sơ) xử lý ở mức truy cứu trách nhiệm hình sự đối với ông Bì Văn Tứ, Đậu Hồng Lạc; đồng thời đề nghị làm việc lại với đoàn thanh tra về từng trường hợp cụ thể trước khi xem xét hình thức kỷ luật đối với giám đốc các đơn vị thành viên của tổng công ty và ban quản lý dự án đường ống, kho, cảng.

Bản giải trình này được ông Quách Lê Thanh, Tổng Thanh tra Nhà nước, chuyển xuống cho ông Trần Quốc Trượng (Phó tổng thanh tra) xem xét và chỉ đạo đoàn thanh tra. Đối với những vấn đề chưa thống nhất, ông Thanh đề nghị bố trí để lãnh đạo Thanh tra Nhà nước làm việc với lãnh đạo Petro VN.

Ngày 11-2-2003, đoàn thanh tra đã làm việc với lãnh đạo Thanh tra Nhà nước để xin ý kiến chỉ đạo xử lý sau thanh tra. Chỉ đạo mà đoàn thanh tra nhận được là kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Petro VN kiểm điểm tập thể, cá nhân, đề xuất mức kỷ luật. Theo đó những cán bộ thuộc Petro VN quản lý giao hội đồng quản trị và tổng giám đốc kiểm điểm và xử lý hành chính nghiêm túc. Đối với hai vụ việc ở TRAECO và Công ty Thiết bị vật tư du lịch, kiến nghị giao cho hai cơ quan chủ quản là Bộ Giao thông vận tải và Tổng cục Du lịch kiểm điểm, xử lý hành chính, khắc phục hậu quả. Trong trường hợp không làm nghiêm túc sẽ đề nghị chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra.

Một ngày sau cuộc họp trên, ông Bùi Xuân Bảy, phó đoàn thanh tra, đã sửa lại các nội dung của bản kết luận, trong đó gạch bỏ phần kiến nghị truy cứu trách nhiệm hình sự ông Tứ và ông Lạc, gạch bỏ kiến nghị chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra hai vụ việc tại TRAECO và Công ty Thiết bị vật tư du lịch.

Sau những sửa đổi trên, một bản dự thảo mới được trình lên ông Trần Quốc Trượng xem lại lần cuối. Phần kết luận của bản dự thảo thanh tra cho biết theo đề nghị của Chủ tịch hội đồng quản trị và Tổng giám đốc Petro VN, Thanh tra Nhà nước chấp thuận giao cho Petro VN tổ chức chỉ đạo kiểm điểm nghiêm túc những đơn vị và cá nhân thuộc thẩm quyền quản lý của tổng công ty và các công ty trực thuộc có sai phạm được nêu trong kết luận thanh tra. Đồng thời nêu rõ Petro VN phải báo cáo Thanh tra Nhà nước hình thức xử lý kỷ luật đối với một số cá nhân, trong đó có ông Bì Văn Tứ, ông Đậu Hồng Lạc.

Bản dự thảo cũng đề nghị Tổng cục trưởng Tổng cục Du lịch kiểm điểm, xử lý hành chính nghiêm khắc giám đốc Công ty Thiết bị vật tư du lịch, yêu cầu xử lý nghiêm minh về kinh tế đối với TRAECO vì công ty này còn liên quan đến dự án 2 triệu m³ khí/ngày đêm (được thanh tra phát hiện có nhiều sai phạm nghiêm trọng). Tại bản dự thảo này, số tiền phải thu về ngân sách chỉ còn 135,2 tỷ đồng và số tiền phải xuất toán còn 8,2 tỷ đồng (những con số này được một thành viên trong đoàn thanh tra cho biết là sửa lại dựa trên chứng cứ giải trình của đối tượng thanh tra). Tất cả những nội dung đó đã được ông Trượng thông qua và ghi lên trang đầu tiên của bản dự thảo: “Đồng ý phát hành”.

Tuy nhiên, trong bản kết luận chính thức do trưởng đoàn Lương Cao Khải ký, số tiền phải thu về ngân sách lại giảm xuống còn 134,8 tỷ đồng và số tiền phải xuất toán còn 8,272 triệu đồng.

Như vậy, những thay đổi trong kết luận thanh tra so với các bản dự thảo trước đó đã được Thanh tra Nhà nước chấp thuận theo đề nghị của Petro VN.