Theo đó, nếu công trình đang tồn tại phù hợp với quy hoạch xây dựng được duyệt nhưng chưa phù hợp về kiến trúc, cảnh quan khu vực... như quy định về hình khối, số tầng, chiều cao xây dựng, phần cho phép nhô ra của ban công các tầng, màu sắc công trình, mái che, mật độ xây dựng và các quy định kiến trúc khác thì được phép tồn tại theo hiện trạng. Trường hợp công trình đang tồn tại không phù hợp với quy hoạch xây dựng được duyệt vẫn được phép tồn tại với điều kiện chưa thực hiện quy hoạch. Trường hợp chủ đầu tư có nhu cầu cải tạo sửa chữa hay xây dựng mới thì phải tuân thủ đúng các quy định của Luật Xây dựng và phải phù hợp với giấy phép xây dựng được cấp.

Đối với trường hợp toàn bộ công trình xây dựng đang tồn tại nhưng không phù hợp quy hoạch thì được xử lý như sau: trường hợp thực hiện ngay quy hoạch xây dựng, chủ đầu tư phải di chuyển về khu quy hoạch và được bồi thường hay hỗ trợ theo quy định của pháp luật. Nếu chưa thực hiện quy hoạch xây dựng thì được phép tồn tại theo hiện trạng. Nếu chủ đầu tư có nhu cầu thì được sửa chữa, cải tạo lắp đặt thiết bị bên trong nhưng không được làm thay đổi kiến trúc, kết cấu chịu lực và an toàn của công trình. Nếu nâng cấp cải tạo mà theo quy định phải xin cấp phép thì chủ công trình phải xin cấp phép xây dựng tạm có thời hạn. Khi thực hiện quy hoạch, chủ công trình phải tự thực hiện việc tháo dỡ.

Đối với trường hợp một phần công trình không phù hợp quy hoạch thì phải phá dỡ phần không phù hợp và cũng được bồi thường hay hỗ trợ theo quy định của pháp luật. Phần diện tích hay công trình còn lại được phép xây dựng nhưng phải tuân theo quy hoạch kiến trúc chung. Nếu phần diện tích đất hay mặt bằng công trình còn lại nhỏ hơn 15m², có chiều rộng mặt tiền hoặc chiều sâu so với chỉ giới xây dựng nhỏ hơn 3m thì không được phép xây dựng. Nếu từ 3m trở lên thì được phép xây dựng 1 tầng (trệt). Nếu phần diện tích đất hay mặt bằng công trình còn lại nhỏ hơn 15m² đến nhỏ hơn 40m² , có chiều rộng mặt tiền hoặc chiều sâu so với chỉ giới xây dựng từ 3m trở lên thì được phép xây dựng không quá 2 tầng (một trệt một lầu), chiều cao không quá 7m. Trường hợp chưa thực hiện quy hoạch xây dựng thì được phép tồn tại theo hiện trạng và nếu có nhu cầu cải tạo hay sửa chữa thì phải xin phép tạm đồng thời cam kết tháo dỡ theo quy định.

Đối với các công trình vi phạm mà cơ quan quản lý nhà nước đã ban hành quyết định xử lý nếu chủ đầu tư chưa thực hiện hoặc mới thực hiện một phần thì cơ quan đó ban hành quyết định điều chỉnh lại nội dung cho phép tồn tại theo hiện trạng. Trường hợp chủ đầu tư chưa nộp tiền phạt thì vẫn phải thực hiện nộp tiền theo quy định với số tiền đã ghi tại quyết định xử lý vi phạm trước đây.

Đối với công trình vi phạm xây dựng chưa bị xử lý thì phải lập biên bản và xử phạt theo quy định. Trường hợp công trình vi phạm đã đổi chủ sở hữu, UBND quận huyện lập hồ sơ trình UBTP xem xét tùy trường hợp cụ thể. Trong mọi trường hợp, đối với công trình vi phạm xây dựng ngoài ranh đất có quyền sử dụng theo quy định của pháp luật về đất đai, chỉ được phép tồn tại khi phần đất lấn chiếm đó không có tranh chấp, khiếu nại; không thuộc đất công do Nhà nước quản lý.

Đối với công trình vi phạm được phép tồn tại theo hiện trạng, chủ đầu tư phải có đơn xin phép tồn tại công trình và bản kê khai có xác nhận của UBND phường, xã, thị trấn, bản sao các quyết định xử lý vi phạm xây dựng, biên lai đóng tiền phạt theo quyết định xử lý vi phạm xây dựng trước đây và bản sao giấy phép xây dựng, bản vẽ thiết kế xây dựng được duyệt (nếu có). Ngoài ra, chủ đầu tư phải kê khai công trình xây dựng vi phạm theo mẫu, nếu đã có quyết định xử phạt vi phạm xây dựng thì nộp tại UBND phường, xã thị trấn nơi có công trình vi phạm để được xác nhận đưa vào hồ sơ. Nếu chưa có quyết định xử phạt thì nộp về UBND quận, huyện. Tùy theo từng trường hợp, các cơ quan chức năng sẽ giải quyết trong vòng 45 ngày làm việc đối với nhà ở riêng lẻ và 60 ngày làm việc đối với các công trình khác kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.

Riêng các công trình vi phạm sau ngày 1-7-2004 sẽ kiên quyết tháo dỡ.