Luật KTNN điều chỉnh tổ chức và hoạt động của KTNN, gồm địa vị pháp lý, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức của KTNN; nhiệm vụ, quyền hạn của kiểm toán viên nhà nước; đơn vị được kiểm toán và tổ chức, cá nhân có liên quan; hoạt động và bảo đảm hoạt động của KTNN (Điều 1). Với phạm vi điều chỉnh như vậy, đối tượng áp dụng Luật KTNN gồm: Đơn vị được kiểm toán; KTNN; tổ chức, cá nhân khác có liên quan đến hoạt động kiểm toán nhà nước (Điều 2).

Về nguyên tắc hoạt động kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước, Điều 7 quy định KTNN hoạt động độc lập và chỉ tuân theo pháp luật; trung thực, khách quan. Độc lập và chỉ tuân theo pháp luật là nguyên tắc cơ bản, quan trọng xuyên suốt đối với hoạt động kiểm toán của KTNN được quy định trên cơ sở bản chất và yêu cầu về hiệu quả của hoạt động KTNN với tư cách là cơ quan kiểm tra tài chính bên ngoài (ngoại vi) của nhà nước. Nguyên tắc này bảo đảm cho hoạt động KTNN phù hợp với thông lệ quốc tế. Trung thực, khách quan là nguyên tắc gắn với bản chất, chi phối toàn diện hoạt động kiểm toán và không thể tách rời nguyên tắc độc lập và chỉ tuân theo pháp luật của hoạt động kiểm toán.

Luật KTNN xác định địa vị pháp lý của KTNN: là cơ quan chuyên môn về lĩnh vực kiểm tra tài chính nhà nước do Quốc hội thành lập, hoạt động độc lập và chỉ tuân theo pháp luật (Điều 13). KTNN có chức năng kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động đối với mọi cơ quan, tổ chức quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước (Điều 14). Trong đó kiểm toán báo cáo tài chính để đánh giá, xác nhận tính đúng đắn, trung thực của báo cáo tài chính là chức năng đặc thù của kiểm toán nói chung và KTNN nói riêng.

Nhiệm vụ, quyền hạn của KTNN được quy định tại Điều 15 và Điều 16. Với vị thế là cơ quan chuyên môn về kiểm tra tài chính nhà nước do Quốc hội thành lập, hoạt động độc lập và chỉ tuân theo pháp luật nên ngoài những nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định của Nghị định 93/2003/NĐ-CP ngày 13-8-2003 của Chính phủ, Luật KTNN quy định bổ sung các nhiệm vụ, quyền hạn mới: KTNN tự quyết định kế hoạch kiểm toán hằng năm và báo cáo với QH, Chính phủ trước khi thực hiện; xem xét quyết định việc kiểm toán khi thường trực HĐND, UBND tỉnh, thành phố trực thuộc T.Ư có yêu cầu; trình ý kiến của KTNN để QH xem xét, quyết định dự toán, phân bổ, phê chuẩn quyết toán NSNN; tham gia với Uỷ ban kinh tế và ngân sách của QH, các cơ quan khác của QH, Chính phủ trong việc xem xét, thẩm tra dự toán NSNN, phân bổ ngân sách trung ương; tham gia với Uỷ ban kinh tế và ngân sách trong hoạt động giám sát về lĩnh vực tài chính ngân sách; tổ chức báo cáo kết quả kiểm toán năm và kết quả thực hiện kiến nghị kiểm toán với QH, Uỷ ban Thường vụ QH; gửi báo cáo kiểm toán cho Hội đồng Dân tộc, các uỷ ban của QH, Chủ tịch nước, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ; cung cấp kết quả kiểm toán cho Bộ tài chính, Hội đồng nhân dân nơi kiểm toán và cơ quan khác theo quy định của pháp luật; công bố công khai kết quả kiểm toán; chuyển hồ sơ cho cơ quan điều tra xem xét, xử lý các vi phạm theo quy định của pháp luật; tổ chức thi và cấp chứng chỉ kiểm toán viên nhà nước; chỉ đạo hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ kiểm toán nội bộ.

Để bảo đảm tính độc lập, khách quan của Tổng KTNN nói riêng và cơ quan KTNN nói chung khi thực hiện nhiệm vụ kiểm toán, Luật quy định Tổng KTNN do QH bầu, miễn nhiệm và bãi nhiệm theo đề nghị của Uỷ ban thường vụ QH sau khi trao đổi thống nhất với Thủ tướng Chính phủ (khoản 2, điều 17). Nhiệm kỳ của Tổng KTNN là bảy năm, có thể được bầu lại nhưng không quá hai nhiệm kỳ (khoản 3, điều 17). Lương và chế độ khác của Tổng KTNN như lương và chế độ khác của Chủ nhiệm Uỷ ban của QH (khoản 4, điều 17).

Tổng KTNN chịu trách nhiệm về tổ chức và hoạt động của KTNN trước pháp luật, trước QH, Uỷ ban thường vụ QH và Chính phủ. Tổng KTNN tham dự phiên họp toàn thể của QH, các phiên họp của Uỷ ban thường vụ QH và Chính phủ về các vấn đề có liên quan, trình bày báo cáo kiểm toán quyết toán NSNN trước QH, trình bày báo cáo kiểm toán năm trước QH khi QH yêu cầu; có quyền kiến nghị bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan ngang bộ... xử lý theo thẩm quyền đối với các hành vi cản trở hoạt động kiểm toán, cung cấp thông tin sai sự thật, không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ kết luận, kiến nghị của KTNN.

Tổng KTNN còn có thẩm quyền xây dựng và ban hành hệ thống chuẩn mực KTNN theo quy trình do Uỷ ban thường vụ QH quy định (Điều 8).

Luật KTNN quy định Phó tổng KTNN do Tổng KTNN đề nghị Uỷ ban thường vụ QH bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức; nhiệm kỳ của Phó tổng KTNN là bảy năm; lương và các chế độ khác của Phó tổng KTNN như lương và các chế độ khác của Phó chủ nhiệm Uỷ ban của QH (Điều 20).

KTNN được tổ chức và quản lý tập trung thống nhất gồm bộ máy điều hành, KTNN chuyên ngành, KTNN khu vực và các đơn vị sự nghiệp. Đây là mô hình thích hợp và hiệu quả qua thực tiễn hoạt động hơn 10 năm của KTNN, phù hợp với quy định về quản lý, điều hành NSNN theo quy định của Luật Ngân sách NN.

Luật quy định, kiểm toán viên nhà nước là công chức nhà nước được bổ nhiệm vào ngạch kiểm toán để thực hiện nhiệm vụ kiểm toán. Luật KTNN cũng quy định cụ thể thẩm quyền bổ nhiệm, miễn nhiệm kiểm toán viên nhà nước, tiêu chuẩn chung, trách nhiệm của kiểm toán viên nhà nước để tạo vị thế độc lập về chuyên môn nghiệp vụ khi thực hiện kiểm toán. Ngoài các hành vi bị nghiêm cấm được quy định tại Điều 12, Luật KTNN còn quy định các trường hợp kiểm toán viên nhà nước không được thực hiện kiểm toán khi tính độc lập của kiểm toán viên bị ảnh hưởng. Luật KTNN cũng quy định KTNN được sử dụng cộng tác viên kiểm toán là các doanh nghiệp kiểm toán, các chuyên gia trong và ngoài nước dưới hình thức hợp đồng thực hiện nhiệm vụ.

Hoạt động kiểm toán là một trong những nội dung quan trọng của Luật KTNN. Do vậy Luật đã dành một chương riêng (Chương IV) gồm bảy mục với 29 điều quy định chi tiết và cụ thể nội dung liên quan hoạt động kiểm toán gồm: Quyết định kiểm toán; Loại hình kiểm toán và nội dung của từng loại hình kiểm toán; Thời hạn kiểm toán, địa điểm kiểm toán; Đoàn kiểm toán, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của Trưởng đoàn kiểm toán, Tổ trưởng kiểm toán và các thành viên khác của đoàn kiểm toán; Quy trình kiểm toán; Công khai kết quả kiểm toán, theo dõi, kiểm tra việc thực hiện kiến nghị kiểm toán và hồ sơ kiểm toán. Uỷ ban thường vụ QH quy định việc kiểm toán đối với một số hoạt động thuộc lĩnh vực quốc phòng, an ninh.

Luật quy định báo cáo kiểm toán của KTNN xác nhận về tính đúng đắn, trung thực của báo cáo tài chính, báo cáo quyết toán ngân sách; đánh giá tính tuân thủ pháp luật, tính kinh tế, tính hiệu lực và hiệu quả trong quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước. Đơn vị được kiểm toán phải thực hiện các kết luận, kiến nghị của KTNN đối với các sai phạm và thực hiện các biện pháp khắc phục các yếu kém do KTNN phát hiện và kiến nghị. Kết luận kiểm toán đã được cơ quan, người có thẩm quyền chấp nhận có giá trị bắt buộc thực hiện.

Báo cáo kiểm toán năm, báo cáo kết quả thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán của KTNN sau khi trình QH được công bố công khai theo quy định của pháp luật. Tổng KTNN tổ chức công bố công khai báo cáo kiểm toán theo các hình thức: họp báo; công bố trên Công báo và các phương tiện thông tin đại chúng; đăng tải trên Website và các ấn phẩm của KTNN. Báo cáo kết quả của từng cuộc kiểm toán sau khi phát hành được công bố công khai cùng với báo cáo tài chính theo quy định của Luật NSNN và Luật kế toán.

Đối tượng kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước là hoạt động có liên quan đến quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước. Đơn vị được kiểm toán là tất cả các cơ quan, đơn vị, doanh nghiệp và tổ chức quản lý, sử dụng NSNN, tiền và tài sản nhà nước. Luật KTNN dành một chương riêng (Chương V) quy định về quyền và nghĩa vụ của đơn vị được kiểm toán. Đơn vị được kiểm toán có quyền từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm toán; Thảo luận, giải trình bằng văn bản về dự thảo báo cáo kiểm toán; khiếu nại với KTNN về những vấn đề liên quan đến hoạt động kiểm toán; yêu cầu KTNN, kiểm toán viên nhà nước bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật.

Để hoạt động kiểm toán được khách quan, trung thực, Luật quy định QH, Uỷ ban thường vụ QH, Hội đồng Dân tộc, các uỷ ban của QH, Đoàn đại biểu QH, đại biểu QH có trách nhiệm giám sát hoạt động và việc sử dụng kinh phí của KTNN. Khi xét thấy cần thiết, QH thành lập Uỷ ban lâm thời để nghiên cứu, thẩm tra về kết quả hoạt động của KTNN.

Luật cũng quy định, KTNN tiến hành kiểm toán và đưa ra các kết luận, kiến nghị. Trong trường hợp đơn vị được kiểm toán kiến nghị về báo cáo kiểm toán thì Tổng KTNN phải xem xét, giải quyết; việc khiếu nại, tố cáo và giải quyết khiếu nại, tố cáo về KTNN thực hiện theo quy định của pháp luật về khiếu nại, tố cáo.

Luật KTNN được ban hành là một bước tiến quan trọng trong việc xây dựng, hoàn thiện hệ thống pháp luật về kinh tế, tài chính, là công cụ pháp lý để tăng cường kiểm tra, kiểm soát hoạt động quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước, góp phần làm minh bạch và lành mạnh hoá nền tài chính quốc gia.

Luật KTNN được Quốc hội khóa XI, kỳ hợp thứ 7 thông qua ngày 14-6-2005, Chủ tịch nước ký lệnh công bố ngày 24-6-2005, có hiệu lực thi hành ngày 1-1-2006.