Luật KTNN gồm 8 chương, 76 điều quy định về tổ chức và hoạt động KTNN. Luật KTNN được xây dựng theo phương án luật chi tiết để khi ban hành có thể thực hiện được ngay, nội dung vừa đáp ứng yêu cầu trước mắt vừa phù hợp với xu hướng phát triển hoạt động kiểm toán trong tương lai. Với mục đích và quan điểm như vậy Luật KTNN có nhiều quy định mới so với các quy định hiện hành về KTNN.

Trong hoạt động kiểm toán, tính độc lập là tiền đề cơ bản bảo đảm cho công tác kiểm tra tài chính nhà nước có hiệu lực và hiệu quả. Theo Tuyên bố Lima về kiểm tra tài chính của Tổ chức Quốc tế các cơ quan kiểm toán tối cao mà KTNN Việt Nam là thành viên chính thức thì tính độc lập của cơ quan KTNN là nguyên tắc tối cao, do vậy, Luật KTNN đã khẳng định rõ nguyên tắc hoạt động kiểm toán của KTNN là "Độc lập và chỉ tuân theo pháp luật; trung thực khách quan" (Điều 7). Đây là nguyên tắc cơ bản, quan trọng mang tính xuyên suốt đối với hoạt động kiểm toán của KTNN được quy định trên cơ sở yêu cầu thực tiễn nâng cao hiệu lực pháp lý và chất lượng kiểm toán của KTNN và phù hợp với thông lệ quốc tế. Nội dung của nguyên tắc quan trọng này đã được thể hiện trong các chế định cụ thể của Luật, bảo đảm tính độc lập của Cơ quan KTNN cả về tổ chức và hoạt động.

Để hoạt động kiểm toán độc lập và chỉ tuân theo pháp luật trung thực khách quan, Luật KTNN quy định tính độc lập của Cơ quan KTNN, thẩm quyền bổ nhiệm Tổng KTNN, Phó Tổng KTNN, lập kế hoạch kiểm toán năm, tính độc lập của kiểm toán viên nhà nước (KTVNN) và tính độc lập về tài chính của KTNN; đồng thời quy định các hành vi bị nghiêm cấm đối với KTNN, KTVNN, đối với đơn vị được kiểm toán và tổ chức, cá nhân có liên quan. Luật nghiêm cấm KTNN và KTNN: sách nhiễu, gây khó khăn, phiền hà cho đơn vị được kiểm toán; can thiệp trái pháp luật vào hoạt động bình thường của đơn vị được kiểm toán; nhận hối lộ; báo cáo sai lệch, không đầy đủ kết quả kiểm toán; lợi dụng chức vụ, quyền hạn để vụ lợi; tiết lộ bí mật nhà nước, bí mật nghề nghiệp của đơn vị được kiểm toán; tiết lộ thông tin về tình hình và kết quả kiểm toán chưa được công bố chính thức (khoản 1 Điều 12). Nghiêm cấm đơn vị được kiểm toán và tổ chức, cá nhân có liên quan: từ chối cung cấp thông tin, tài liệu phục vụ cho cuộc kiểm toán theo yêu cầu của KTNN và KTVNN; cản trở công việc của KTNN và KTVNN; báo cáo sai lệch, không trung thực, không đầy đủ và thiếu khách quan thông tin liên quan đến cuộc kiểm toán của KTNN; mua chuộc, hối lộ KTVNN; che giấu các hành vi vi phạm pháp luật về tài chính, ngân sách. Nghiêm cấm mọi tổ chức, cá nhân can thiệp trái pháp luật vào hoạt động kiểm toán của KTNN (khoản 2, 3 Điều 12).

Ngoài ra, Luật còn quy định KTNN không được thực hiện kiểm toán trong trường hợp: góp vốn, mua cổ phần hoặc có quan hệ khác về lợi ích kinh tế với đơn vị được kiểm toán hoặc kiểm toán tại đơn vị mà mình đã làm lãnh đạo, kế toán trưởng hoặc phụ trách kế toán trong thời hạn ít nhất là 5 năm kể từ khi chuyển công tác hoặc có quan hệ là bố đẻ, mẹ đẻ, bố nuôi, mẹ nuôi, bố chồng, mẹ chồng, bố vợ, mẹ vợ, vợ chồng, con, anh, chị, em ruột với người đứng đầu, kế toán trưởng hoặc người phụ trách kế toán của đơn vị được kiểm toán (Điều 31).

Điều 13 của Luật quy định về địa vị pháp lý của KTNN: "KTNN là cơ quan chuyên môn về lĩnh vực kiểm tra tài chính nhà nước do Quốc hội thành lập, hoạt động độc lập và chỉ tuân theo pháp luật". Tính độc lập trong hoạt động của KTNN tương tự như VKSNDTC và TANDTC ở Việt Nam, nhưng KTNN không thuộc hệ thống các cơ quan lập pháp, hành pháp hay tư pháp.

Bằng việc tách kiểm tra tài chính ra khỏi phạm vi ngành lập pháp, hành pháp về mặt thiết chế như vậy sẽ bảo đảm cho người kiểm tra và người bị kiểm tra không đồng nhất với nhau và giữ được một khoảng cách tối thiểu nhất định giữa họ với nhau. Quy định này nhằm bảo đảm tính độc lập về mặt nghiệp vụ và thiết chế của KTNN.