Trước hết, ngoài việc áp dụng tính thuế theo tỷ lệ phần trăm (%) theo quy định hiện hành, khoản 2 Điều 8 của Luật bổ sung quy định phương pháp tính thuế theo hình thức thuế tuyệt đối. Theo hình thức tính thuế này thì số thuế phải nộp được quy định theo mức thuế tuyệt đối bằng tiền trên một đơn vị hàng hoá và được áp dụng đối với một số mặt hàng trong trường hợp có khả năng gian lận lớn về giá tính thuế.

Thứ hai, để thực hiện cam kết quốc tế và bảo đảm tính công bằng, minh bạch về xác định giá tính thuế đối với hàng hoá nhập khẩu, khoản 2 Điều 9 của Luật quy định về giá tính thuế như sau :”Giá tính thuế đối với hàng hoá nhập khẩu là giá thực tế phải trả tính đến cửa khẩu nhập đầu tiên theo hợp đồng, phù hợp với cam kết quốc tế”.

Thứ ba, để bảo đảm phù hợp với các quy định của WTO về tự vệ trong nhập khẩu hàng hoá nước ngoài vào Việt Nam, đối xử tối huệ quốc và đối xử quốc gia trong thương mại quốc tế, chống bán phá giá và chống trợ cấp và phù hợp với hệ thống pháp luật hiện hành, sửa đổi cụm từ “thuế bổ sung” thành biện pháp về thuế để tự vệ, chống bán phá giá, chống trợ cấp, chống phân biệt đối xử trong nhập khẩu hàng hoá.

Thứ tư, để phù hợp với quy định của WTO, quyền của đối tượng nộp thuế được lựa chọn quyền khiếu nại với cơ quan hải quan hoặc toà hành chính. Theo đó, Luật quy định về khiếu nại và giải quyết khiếu nại như sau: “Trong trường hợp đối tượng nộp thuế không đồng ý với quyết định của cơ quan hải quan về số tiền thuế, tiền phạt, hình thức xử phạt thì vẫn phải nộp đủ tiền thuế, tiền phạt, chấp hành biện pháp xử phạt, đồng thời có quyền khiếu nại với cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quy định của pháp luật về khiếu nại, tố cáo”.

Đó là, thời hạn nộp thuế đối với hàng hoá nhập khẩu về cơ bản tiếp tục giữ như hiện hành, nhưng đối với hàng hoá xuất khẩu nâng thời hạn từ 15 ngày lên 30 ngày để khuyến khích xuất khẩu. Đồng thời quy định các điều kiện ràng buộc để được hưởng thời hạn nộp thuế: đối tượng nộp thuế phải có quá trình chấp hành tốt pháp luật về thuế hoặc phải có bảo lãnh về số tiền thuế phải nộp.

Để bảo đảm công bằng, minh bạch, không phân biệt đối xử về ưu đãi thuế theo đúng quy định của WTO, Điều 16 và Điều 17 của Luật quy định miễn thuế, xét miễn thuế. Nội dung các điều này được quy định trên cơ sở thống nhất giữa ưu đãi khuyến khích đầu tư trong nước và đầu tư nước ngoài; tập hợp, hệ thống hoá các quy định hiện hành về miễn thuế, xét miễn thuế đang quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật khác vào luật này, theo nguyên tắc chọn những quy định về miễn thuế, xét miễn thuế ở mức cao nhất để áp dụng chung; đồng thời bãi bỏ quy định không khả thi, khó có căn cứ để thực hiện đúng trên thực tế.

Về giảm thuế, để bảo đảm việc xét giảm thuế được chính xác, phù hợp với quy trình thủ tục hải quan, sửa đổi điều kiện để được xét giảm thuế, đó là :”Hàng hoá đang còn trong quá trình giám sát của cơ quan hải quan nếu bị hư hỏng hoặc bị mất mát...” thì mới được xét giảm thuế.

Trước hết là về thẩm quyền ban hành mức thuế suất. Để chủ động trong việc điều hành và thực hiện cam kết quốc tế, Luật giao thẩm quyền cho Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định áp dụng mức thuế suất thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với từng mặt hàng theo thủ tục do Chính phủ quy định, bảo đảm các nguyên tắc sau:

a. Phù hợp với danh mục nhóm hàng chịu thuế và trong phạm vi khung thuế suất do Uỷ ban thường vụ QH ban hành;

b. Góp phần bảo đảm nguồn thu ngân sách nhà nước và bình ổn thị trường;

c. Bảo hộ sản xuất trong nước có chọn lọc, có điều kiện, có thời hạn phù hợp với điều ước quốc tế mà Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.

Thứ hai là để đáp ứng yêu cầu cải cách hành chính, tiết kiệm thời gian và chi phí, đồng thời nâng cao trách nhiệm của đối tượng nộp thuế trong việc chấp hành pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Điều 13 của Luật quy định trách nhiệm của đối tượng nộp thuế trong việc kê khai thuế, nộp thuế :”Đối tượng nộp thuế xuất khẩu, nhập khẩu có trách nhiệm kê khai thuế đầy đủ, chính xác, minh bạch và chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung kê khai; nộp tờ khai hải quan cho cơ quan hải quan, tính thuế và nộp thuế vào ngân sách nhà nước”.

Thứ ba là về hoàn thuế, trách nhiệm và thời hạn hoàn thuế. Để bao quát đầy đủ các trường hợp hoàn thuế và bảo đảm công bằng trong việc thực hiện quyền và nghĩa vụ thuế của đối tượng nộp thuế, Luật bổ sung các trường hợp được hoàn thuế, đó là: hàng hoá đã xuất khẩu, nhập khẩu đã nộp thuế nhưng vì lý do khách quan phải nhập khẩu trở lại hoặc phải tái xuất; hàng hoá là máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức đã được phép tạm nhập để thực hiện các dự án đầu tư và được tái xuất khỏi Việt Nam khi hoàn thành dự án và trường hợp hoàn thuế do nhầm lẫn trong kê khai. Đồng thời quy định rõ thời hạn hoàn thuế và trách nhiệm của cơ quan nhà nước có thẩm quyền xét hoàn thuế và đối tượng được hoàn thuế. Trong đó, khoản 2 Điều 20 quy định :“... nếu việc chậm hoàn thuế do lỗi của cơ quan nhà nước có thẩm quyền xét hoàn thuế thì ngoài số tiền phải hoàn còn phải trả tiền lãi kể từ ngày chậm hoàn thuế cho đến ngày được hoàn thuế theo mức lãi suất vay ngân hàng thương mại tại thời điểm phải hoàn thuế”.

Thứ tư là việc xử lý vi phạm. Để nâng cao ý thức chấp hành pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, ngoài việc quy định tiếp tục áp dụng các biện pháp xử lý theo Luật hiện hành, Luật sửa đổi quy định: Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan được quyền tạm giữ hàng hoá hoặc kê biên tài sản theo quy định của pháp luật để bảo đảm thu đủ tiền thuế, tiền phạt còn thiếu. Sau thời hạn ba mươi ngày, kể từ ngày cơ quan hải quan có quyết định tạm giữ hàng hoá hoặc quyết định kê biên tài sản mà đối tượng nộp thuế vẫn chưa nộp đủ tiền thuế, tiền phạt thì cơ quan hải quan được bán đấu giá hàng hoá, tài sản theo quy định của pháp luật để thu đủ tiền thuế, tiền phạt; người nào có hành vi trốn thuế với số lượng lớn hoặc đã bị xử phạt vi phạm hành chính về hành vi trốn thuế mà còn vi phạm thì bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật.

Thứ năm là về tổ chức thực hiện. Để bảo đảm quản lý tập trung, thống nhất, phân công, phân cấp trách nhiệm cụ thể, rõ ràng trong việc tổ chức thực hiện Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Điều 25 của Luật quy định thẩm quyền và trách nhiệm của Chính phủ; Điều 26 quy định về trách nhiệm của Bộ trưởng Bộ Tài chính và Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, Điều 27 quy định về trách nhiệm của cơ quan hải quan.