Trước hết nói về công tác quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất ở Sầm Sơn suốt từ năm 1996 tới nay được chính quyền triển khai rối như canh hẹ, năm thì có năm thì không. Nội dung kế hoạch thiếu căn cứ, chủ yếu là ước đoán, không sát hợp với nhu cầu sử dụng đất, dẫn đến kết quả thực hiện đạt thấp, có những hạng mục đề ra nhưng không thực hiện được. Thí dụ như kế hoạch năm 2004 sử dụng đất vào mục đích xây dựng trụ sở cơ quan giáo dục, TDTT... nhưng không thực hiện được.

Năm 2003 kế hoạch sử dụng đất vào mục đích thủy lợi, di tích lịch sử văn hóa, nghĩa trang, nghĩa địa... nhưng cũng không thực hiện được. Ngược lại, có nhiều hạng mục kế hoạch một đằng nhưng sử dụng một nẻo như đất chuyên dùng, đất xây dựng cơ bản, đất làm đường giao thông.

Thực hiện chỉ thị 299/TTg, năm 1995 UBND thị xã và các xã tiến hành kiểm kê đất đai, đo đạc lập hồ sơ địa chính trên địa bàn toàn thị xã. Tuy nhiên qua hai lần đo đạc, thống kê kiểm kê các xã phường mới lập được bản đồ hiện trạng sử dụng đất, sổ mục kê lần đầu... nhưng không thực hiện việc xử lý tính hợp pháp của các đối tượng sử dụng đất và không lập được sổ địa chính, sổ đăng ký, sổ theo dõi biến động đất đai theo quy định. Chính sai phạm này đã dẫn đến hàng loạt vụ khiếu kiện sau này ở địa bàn thị xã Sầm Sơn.

Trong những năm là chủ tịch UBND thị xã Sầm Sơn, ông Phùng đã nhiều lần giao đất, cho thuê đất trái thẩm quyền. Thí dụ như, ngày 4-10-2001 UBND tỉnh Thanh Hóa mới phê duyệt mặt bằng quy hoạch xây dựng trường THPT bán công Nguyễn Thị Lợi, nhưng trước đó, ngày 24-8-2001 ông Phùng đã ra quyết định thu hồi 26.040 m² đất tại phường Trung Sơn giao cho Ban quản lý xây dựng trường. Năm 2002 ông Phùng đã tùy tiện cho ông Trần Quốc Hưng sử dụng hành lang lưu không đường Thanh Niên không phải trả tiền, sau đó lại cho ông này sử dụng 675 m² đất làm bãi đỗ xe, thậm chí hiện nay đã xây tường bao chiếm dụng nhưng UBND thị xã vẫn phớt lờ không giải quyết.

Hoặc như ông Vũ Đình Vuông được giao 19.620 m² nuôi trồng thủy sản đã 6 năm nay nhưng không hiểu sao UBND thị xã vẫn không có Quyết định thuê đất... Hơn thế nữa, chính ông Phùng với cương vị chủ tịch thị xã đã nhiều lần tự ký quyết định thay đổi, điều chỉnh mặt bằng quy hoạch dân cư đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt mà không hề báo cáo với UBND tỉnh.

Đoàn thanh tra còn phát hiện nhiều vi phạm trong việc triển khai chuyển mục đích sử dụng đất và hợp lý hóa quyền sử dụng đất trên địa bàn thị xã Sầm Sơn. Chỉ tính riêng trong năm 2001 lãnh đạo thị xã đã ký quyết định chuyển đổi mục đích sử dụng đất trái thẩm quyền cho 22 trường hợp, trong đó ông Phùng ký 5 quyết định, ông Hòa ký 17 quyết định. Trong tổng số 59 trường hợp cho chuyển mục đích sử dụng đất thì đã có 19 trường hợp không phù hợp với quy hoạch.

Một vấn đề gây bức xúc nữa là nhiều năm qua UBND không thực hiện việc cấp phép xây dựng, gây rất nhiều phiền toái cho người dân cũng như tổ chức, gây khó khăn cho việc quản lý trật tự xây dựng. Kể từ năm 2000 đến 31-12-2004 UBND thị xã mới cấp được 33 giấy phép xây dựng cho đối tượng tư nhân xây dựng nhà nghỉ khách sạn và công trình có mức đầu tư dưới một tỷ đồng.

Từ sự tắc trách đó mà chỉ tính riêng từ năm 2001 - 2004 trên địa bàn thị xã đã có 699 trường hợp xây dựng trái phép, đấy là chưa kể nhiều trường hợp cố tình lấn chiếm đất công không được chính quyền ra tay giải quyết dứt điểm.

Như đã nói, kể từ khi ông Phùng đảm đương chức chủ tịch UBND thị xã Sầm Sơn (1999) đã có nhiều đơn thư khiếu nại, tố cáo những tiêu cực chung quanh chuyện đất đai, mà hầu hết đều là đúng sự thật. Tiêu biểu như vụ việc ông Phùng đã ký xác nhận cho công ty Bình Minh chuyển nhượng đất cho mẹ và anh trai trái pháp luật, vi phạm nghiêm trọng trong việc quản lý, sử dụng đất đai ở xã Quảng Tiến, tổ chức đấu thầu bí mật thửa đất mà ông Nguyễn Bá Hành đang sử dụng hợp pháp... Với những sai phạm như đã nêu, trách nhiệm trước hết thuộc về UBND thị xã Sầm Sơn, sau đó là cá nhân ông Nguyễn Văn Phùng và những vị cán bộ chủ chốt khác.

Cùng với những kiến nghị khắc phục những sai phạm, Thanh tra tỉnh Thanh Hóa đề nghị "Ban Thường vụ và Thường trực tỉnh ủy Thanh Hóa chỉ đạo kiểm điểm trách nhiệm đối với ông Nguyễn Văn Phùng, nguyên Phó Bí thư, Chủ tịch UBND thị xã nay là Bí thư thị ủy Sầm Sơn về những sai phạm nghiêm trọng trong việc quản lý, sử dụng đất đai và có biểu hiện làm trái, lợi dụng chức vụ quyền lợi. Những sai phạm trong việc quản lý sử dụng tiền cấp quyền sử dụng đất. Có hình thức xử lý nghiêm và xem xét điều kiện làm cán bộ lãnh đạo chủ chốt thị xã Sầm Sơn".

Đề nghị Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa xem xét ban hành văn bản xử lý kết luận thanh tra, chỉ đạo kiểm điểm và có hình thức xử lý đối với tập thể và cá nhân có những sai phạm khuyết điểm trong việc quản lý, sử dụng đất đai (...) Chủ tịch UBND thị xã tổ chức kiểm điểm nghiêm túc về những khuyết điểm sai phạm, có hình thức xử lý kỷ luật nghiêm đối với những cá nhân có sai phạm. Không bố trí số cán bộ phòng quản lý đô thị có sai phạm làm công tác quản lý và các công việc liên quan đến quản lý đất đai.