Trong năm 2005, Thanh tra các cấp của Phú Yên đã thực hiện xong 60 cuộc thanh tra. Qua đó, kiến nghị thu hồi 2.310,6 triệu đồng và 130,9 ha đất, đồng thời xử lý hành chính 27 cán bộ có hành vi vi phạm, trong đó có 23 cán bộ cấp xã và bốn cán bộ cấp huyện.

Tại HTX nông nghiệp Hòa Ðịnh Ðông 1 (Phú Hòa), cơ quan chức năng đã phát hiện kế toán, thủ quỹ chiếm giữ khoản thu tiền điện không nộp vào quỹ HTX hơn 79,7 triệu đồng. Tại HTX Hòa Quang 2, chủ nhiệm thanh toán không đúng thực tế khối lượng thi công xây dựng trại chăn nuôi bò với số tiền hơn 27,4 triệu đồng và chi sai nguyên tắc cho cá nhân vay mượn hơn 77,8 triệu đồng từ các năm 1996 - 1997 đến nay chưa thu hồi.

UBND các xã An Cư, An Ninh Ðông nhận tiền từ bán quyền sử dụng đất mặt nước nuôi trồng thủy sản, chuyển nhượng đất, lệ phí sai phạm 614,1 triệu đồng, trong đó chi sai nguyên tắc hơn 403,5 triệu đồng, cá nhân chiếm giữ sử dụng hơn 187,6 triệu đồng. HTX nông nghiệp Tây An Cư thu tiền công nghĩa vụ không nộp vào quỹ 72,9 triệu đồng, trong đó chủ nhiệm, kế toán, thủ quỹ chiếm giữ sử dụng 64,5 triệu đồng.

Qua kết quả thanh tra công tác quản lý, sử dụng đất đai, UBND tỉnh đã xử lý thu hồi 14.635,9 m² đất mà Công ty quản lý và sửa chữa đường bộ Phú Yên không có nhu cầu sử dụng, tự phân chia cho cán bộ, công nhân xây dựng nhà ở và 65.246 m² đất tại xã Suối Bạc (Sơn Hòa) do địa phương giao đất không đúng trình tự thủ tục giao đất. Thanh tra tại xã Sơn Thành Tây (Tây Hòa), phát hiện có 77 trường hợp lấn chiếm, mua bán, chuyển nhượng đất trái phép, kiến nghị thu hồi 21,3 ha và 165,4 triệu đồng.