Biện pháp trước hết được áp dụng, đó là việc công khai và cung cấp cho doanh nghiệp các văn bản liên quan thủ tục hải quan, lập đường dây nóng để giải quyết kịp thời các phát sinh, vướng mắc. Tiếp đó là đẩy mạnh đối thoại trực tiếp với doanh nghiệp và trả lời doanh nghiệp qua mạng. Ðến nay, đã tiếp xúc hơn 40 lần với hơn 4.000 lượt doanh nghiệp và đã trả lời hơn 1.000 câu hỏi của các doanh nghiệp đặt ra.

Tại các chi cục hải quan cửa khẩu đều lập một tổ giải quyết vướng mắc, khiếu nại của doanh nghiệp để hướng dẫn, giải quyết kịp thời các vướng mắc, khiếu nại, tránh hiện tượng đùn đẩy trách nhiệm, gây phiền hà, sách nhiễu doanh nghiệp. Bên cạnh đó, Hải quan TP Hồ Chí Minh đã lắp đặt và vận hành hiệu quả cao Hệ thống xếp hàng tự động tại Chi cục Hải quan Quản lý hàng đầu tư, bảo đảm công bằng và minh bạch khi doanh nghiệp đăng ký làm thủ tục hải quan; tăng cường và điều chuyển máy móc trang thiết bị như máy vi tính, ca-mê-ra quan sát và máy soi, nhất là máy soi di động để hạn chế kiểm tra thủ công, tập trung kiểm tra hàng hóa qua máy soi.

Một biện pháp khá mạnh mẽ là việc cắt bỏ khâu thủ tục hải quan không cần thiết để hạn chế doanh nghiệp tiếp xúc với nhiều khâu hải quan. Cụ thể là, đối với hàng hóa xuất khẩu: Không xuất trình hải quan tại cổng cảng; hàng thuộc diện miễn kiểm tra và không có thuế được thông quan ngay sau khi đăng ký tờ khai hải quan, không chuyển tờ khai cho bộ phận kiểm hóa và không niêm phong hàng hóa. Hiện nay có khoảng 80% số hàng hóa xuất khẩu thuộc diện này, do vậy thủ tục hải quan chỉ cần năm phút để đăng ký cho một tờ khai, giảm được hơn 30 phút so trước đây.

Ðối với hàng hóa nhập khẩu: Doanh nghiệp không qua hải quan giám sát kho bãi để đối chiếu Manifiest và khi hàng ra cổng cảng doanh nghiệp không phải chờ hải quan cổng cảng vào sổ theo dõi. Ðồng thời, đã hợp nhất hai đội giám sát cổng và giám sát kho bãi, tàu thành một đội, vì vậy doanh nghiệp chỉ phải qua một cửa giám sát hải quan.

Ðể thuận tiện hơn cho khách xuất, nhập cảnh, Hải quan TP Hồ Chí Minh kiến nghị Tổng cục hải quan và UBND thành phố Hồ Chí Minh cải cách thủ tục hành lý: Hành khách xuất nhập cảnh thuộc diện luồng xanh không cần phải khai báo theo yêu cầu của Hải quan trên tờ khai xuất nhập cảnh CHY 2000 và nhân viên hải quan không đóng dấu và ký tên vào tờ khai này. Hơn 80% số khách xuất nhập cảnh thuộc diện luồng xanh và mỗi khách xuất nhập cảnh hiện chỉ mất khoảng một phút thay vì hơn ba phút như trước đây để làm thủ tục hải quan.

Hiện nay, phòng nghiệp vụ đang phối hợp các đơn vị trực thuộc Cục triển khai đề án quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001-2000. Phòng cũng đã có sáng kiến nghiên cứu và xây dựng thành công phần mềm hệ thống các văn bản pháp luật về giám sát quản lý và hệ thống các bảng giá do Tổng cục Hải quan ban hành từ năm năm trước, phục vụ cho công tác phúc tập, giải quyết khiếu nại cho cá nhân và doanh nghiệp; giúp cán bộ, công chức trong phòng và 11 chi cục trực thuộc có đủ thông tin giải quyết chính xác và kịp thời. Sáng kiến này đem lại hiệu quả thiết thực.