Đây là một trong những nội dung trọng tâm của Luật Đấu thầu và cũng là nội dung nhận được nhiều ý kiến nhất. Có ý kiến cho rằng, sẽ không phù hợp với thực tế khi quy định "nhà tư vấn lập báo cáo nghiên cứu khả thi không được tham gia đấu thầu cung cấp dịch vụ tư vấn lập thiết kế kỹ thuật của dự án ". Tuy nhiên, có tới 342 trên tổng số 375 ý kiến của các đại biểu Quốc hội đồng ý với quan điểm của Ủy ban Thường vụ Quốc hội khi cho rằng, quy định như trên là để bảo đảm tính công khai, minh bạch là cạnh tranh trong hoạt động đấu thầu và tạo sự bình đẳng cho các nhà thầu tham gia các bước tiếp theo của dự án.

Nếu cho phép nhà tư vấn lập báo cáo nghiên cứu khả thi được tham gia đấu thầu cung cấp dịch vụ tư vấn lập thiết kế kỹ thuật của dự án và cho phép nhà tư vấn tham gia thiết kế kỹ thuật tham gia đấu thầu các bước tiếp theo, thì họ sẽ có lợi thế rất lớn trong cạnh tranh với các nhà thầu khác do nắm rõ các thông tin về gói thầu mà họ đã tham gia ở giai đoạn trước.

Có ý kiến cho rằng, quy định "nhà thầu tham gia đấu thầu phải độc lập về tổ chức, không cùng phụ thuộc vào cơ quan quản lý và độc lập về tài chính" với nhà tư vấn lập hồ sơ mời thầu, đánh giá hồ sơ mời thầu và với chủ đầu tư của dự án là chưa rõ ràng. Ủy ban Thường vụ Quốc hội lại cho rằng, các quy định trên là rất cần thiết để thực hiện ngay khi Luật Đấu thầu có hiệu lực thi hành.

Nội dung trên đã được cụ thể hóa trong dự thảo Nghị định hướng dẫn thi hành Luật Đấu thầu. Theo đó, độc lập về mặt tổ chức giữa các nhà thầu cùng tham gia đấu thầu là thực hiện gói thầu, giữa chủ đầu tư dự án và nhà thầu tham gia các hoat động đấu thầu thuộc dự án này chính là ở chỗ việc thành lập và hoạt động không bị ràng buộc, tác động chi phối giữa các bên khi tham gia các hoạt động đấu thầu.

Các bên tham gia hoạt động đấu thầu không cùng phụ thuộc vào một cơ quan quản lý chính là ở chỗ việc thành lập tổ chức hoặc bổ nhiệm nhân sự không cùng một cơ quan ra quyết định và trực tiếp quản lý. Đã có 75,30% đại biểu biểu quyết thông qua quy định về bảo đảm cạnh tranh trong đấu thầu như dự thảo Luật. Luật Đấu thầu sẽ có hiệu lực từ ngày 1-4-2006.

Luật Doanh nghiệp có 10 chương với 172 điều sẽ có hiệu lực từ ngày 1-7-2006. Trong quá trình thảo luận, có ý kiến cho rằng, việc cho phép thành lập công ty TNHH một thành viên là cá nhân sẽ vô hiệu hóa hình thức doanh nghiệp (DN) tư nhân. Về vấn đề này, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã giải trình: việc cho phép thành lập công ty TNHH một thành viên là cá nhân thể hiện quyền tự do lựa chọn hình thức kinh doanh, tạo sự bình đẳng về quyền thành lập DN giữa nhà đầu tư nước ngoài và nhà đầu tư trong nước, trên thực tế đã có công ty TNHH một thành viên là cá nhân nước ngoài hoạt động ở Việt Nam.

Hơn nữa, việc cho phép thành lập công ty TNHH một thành viên là cá nhân sẽ đa dạng hóa các loại hình DN tạo thêm kênh huy động vốn trong nhân dân. Đồng thời, quy định này góp phần xóa bỏ tính hình thức của công ty TNHH nhiều thành viên, nhưng thực chất chỉ có một thành viên làm chủ sở hữu.

Về đề nghị quy định quyền biểu quyết của cổ đông là Nhà nước trong trường hợp có tỷ lệ vốn ít, nhưng quyền quyết định lớn. Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng, dự án Luật đã quy định nhiều loại cổ phần, ngoài cổ phần phổ thông có một phiếu biểu quyết, còn có cổ phần ưu đãi biểu quyết. Cổ phần ưu đãi biểu quyết có số phiếu biểu quyết nhiều hơn là do Điều lệ công ty quy định. Các cổ đông nhà nước có quyền lựa chọn và sử dụng cổ phần ưu đãi biểu quyết để đảm bảo với số vốn nhất định vẫn có đủ quyền kiểm soát công ty.

Có ý kiến cho rằng, việc quy định một nửa số thành viên hội đồng quản trị phải thường trú tại Việt Nam là chưa hợp lý, nhất là đối với công ty có vốn đầu tư nước ngoài.

Tiếp thu ý kiến này, Luật DN đã chỉnh lý theo hướng: đại hội đồng cổ đông quyết định số thành viên hội đồng quản trị phải thường trú tại Việt Nam và ghi trong Điều lệ công ty phù hợp với đặc thù của mỗi DN.