Trở lại với bản kết luận điều tra ban đầu, ngoài 8 cán bộ hải quan (Phạm Thái Hà, Cao Văn Nhật, Vũ Công Năm, Trần Hồng Thái, Đinh Quang Hưng, Nguyễn Văn Thụ và Lương Thị Dương) bị đề nghị truy tố về tội thiếu tinh thần trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng vì đã thiếu trách nhiệm trong việc kiểm hóa để ĐTDĐ nhập lậu trị giá hơn một tỷ đồng, còn có bốn nhân viên khác là Đỗ Thanh Tâm, Phạm Minh Tuyết, Phạm Xuân Trường và Đỗ Trung Sơn cũng có hành vi tương tự nhưng giá trị hàng dưới một tỷ đồng nên đã được "tha" để xử lý hành chính.

Về sau, ba nhân viên hải quan nữa tiếp tục được loại khỏi vòng tố tụng đó là Đinh Quang Hưng, Phạm Thái Hà và Cù Anh Dũng. Đinh Quang Hưng và Phạm Thái Hà được xác định là đã làm đúng quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu nên đã được đình chỉ điều tra về tội thiếu tinh thần trách nhiệm vì không đủ căn cứ. Bị can Cù Anh Dũng có hành vi phạm tội thiếu tinh thần trách nhiệm vì để ĐTDĐ nhập lậu với trị giá phạm pháp là hơn 310 triệu đồng, nhưng được coi là không lớn, nên được cơ quan điều tra đề nghị và VKS đồng ý miễn trách nhiệm hình sự.

Bốn nhân viên khác là Đỗ Thanh Tâm, Phạm Minh Tuyết, Phạm Xuân Trường và Đỗ Trung Sơn vẫn được nhắc đến trong cáo trạng nhưng vẫn theo hướng xử lý hành chính vì giá trị hàng phạm pháp không lớn.

Như vậy, trong số 12 nhân viên hải quan lúc đầu bị coi là thiếu tinh thần trách nhiệm thì đến nay chỉ còn năm bị can bị truy tố ra trước Tòa án. Điều cần làm sáng tỏ là bốn bị can được nhắc đến trên đây rõ ràng có hành vi thiếu tinh thần trách nhiệm nhưng giá trị hàng không lớn. Người ta có thể đặt giả thiết nếu như trong số bốn người nói trên có người thiếu tinh thần trách nhiệm với giá trị hàng mặc dù dưới một tỷ, nhưng trên thực tế lại lớn hơn giá trị hàng phạm pháp mà cơ quan tiến hành tố tụng đã xác định với Lương Thị Dương (gần 705 triệu đồng), Trần Hồng Thái (khoảng 632 triệu đồng) thì việc "tha" cho bốn nhân viên này nhưng lại truy tố bị can Lương Thị Dương, Trần Hồng Thái thì liệu có công bằng(?). Vậy giá trị lớn là bao nhiêu?

Cũng liên quan đến việc nhân viên hải quan Đinh Quang Hưng và Phạm Thái Hà được miễn trách nhiệm hình sự, chúng tôi đã tìm hiểu và thấy cần phải nêu ra đây để góp phần giúp các cơ quan tiến hành tố tụng làm sáng tỏ vụ án. Tại trang 13 cáo trạng ngày 20-9-2005 có viết: Tờ khai hải quan số 1739 ngày 28-4-2001 mang tên chủ hàng là Đoàn Thị Thu Hiền do Phạm Thái Hà và Đinh Quang Hưng kiểm hóa. Qua điều tra cho thấy Đoàn Thị Thu Hiền không tiến hành trực tiếp làm thủ tục nhận lô hàng này, chữ viết và chữ ký trên tờ khai hải quan không phải là của Đoàn Thị Thu Hiền. Đoàn Thị Thu Hiền khai có thuê Đinh Văn Dung đi nhận hàng, làm thủ tục và trả tiền công cho Đinh Văn Dung.

Tuy nhiên, Tờ khai hải quan số 1739 lại không hề có bút tích thể hiện Đinh Văn Dung đi nhận hàng mà phần chữ ký và ghi rõ họ tên tại tờ khai hải quan vẫn là "Đoàn Thị Thu Hiền". Đặt giả thiết, nếu Hiền ủy quyền cho Dung thì phải có ủy quyền, đồng thời Dung phải là người ký tên trong tờ khai. Nếu Dung nhận hàng mà lại ký tên Hiền là sai quy định. Để thông quan trường hợp sai sót này, trách nhiệm của những nhân viên và lãnh đạo hải quan có liên quan đến đâu(?)

Ngoài những nội dung trên đây, nhiều vấn đề khác của bản cáo trạng ngày 20-9-2005 cần phải được xem xét lại để bảo đảm tính logic. Chẳng hạn như Nguyễn Thị Vinh Quang (nhân viên kiểm hóa hải quan, phạm tội buôn lậu) người kiểm hóa ba lô hàng ngày 6, 12, 18-3-1999 và nhận "tiền bồi dưỡng", tại trang 20 của cáo trạng có viết: "... Quang kiểm hóa ba lô hàng được 19.500.000 đồng. Số tiền còn lại chia cho đội giám sát hàng phi mậu dịch, đội thuế, đội kho, đội kiểm soát, lãnh đạo đội nhưng không nhớ cụ thể tên ai nên không xác định được, điều này là chưa thuyết phục, bởi lẽ với mỗi ca trực vào các ngày cụ thể đều được phân công rõ ràng những nhân viên và lãnh đạo đội vào những vị trí cụ thể.

Mặt khác, việc Nguyễn Thị Vinh Quang nhận "tiền bồi dưỡng" để không làm tròn nhiệm vụ của mình cần phải bị truy tố về tội nhận hối lộ chứ không thể truy tố về tội buôn lậu. Do vậy, cũng cần xem xét lại trách nhiệm các nhân viên hải quan khác là Nguyễn Văn Dũng, Lê Thị Kim Sa, Liễu Thị Bích (mỗi người nhận được 6.500.000 đồng từ việc kiểm hóa hàng các lô hàng trên đây).

Ngoài ra, một mặt cáo trạng cho rằng: Xác minh các tờ khai hải quan trùng ngày với ngày nhập ĐTDĐ về kho của công ty Đông Nam, nhưng trong phần cụ thể về trách nhiệm các cán bộ hải quan lại lấy những thời điểm khác ngày với ngày khai hải quan. Thí dụ, ở Tờ khai hải quan số 3751 được kiểm hóa ngày 8-9-2000 nhưng cáo trạng lại đối chiếu với công nợ thể hiện ngày 6-9-2000 và trả phí ngày 7-9-2000. Tờ khai hải quan số 635 ngày 16-2-2001 lại được đối chiếu với số liệu của công ty Đông Nam ngày 19-2-2001.

Vấn đề đặt ra là cần phải làm rõ hơn nữa mối quan hệ giữa các tờ khai hải quan và số ĐTDĐ nhập về kho của công ty Đông Nam. Vì rằng số ĐTDĐ nhập về kho của công ty Đông Nam có thể bằng nhiều nguồn khác nhau. Nếu chỉ căn cứ vào lời khai của một bị can cho rằng trong tờ khai hải quan này có ĐTDĐ nhập lậu mà đã quy kết chính xác số lượng ĐTDĐ nhập lậu cho các cán bộ kiểm hóa là chưa thuyết phục. Bởi lẽ, nếu cán bộ kiểm hóa có phát hiện ra ĐTDĐ nhập lậu và “lờ” đi thì rõ ràng là không thể kiểm tra và ghi chép số lượng cụ thể...