Theo đó, một tổ chức, cá nhân nộp thuế chỉ được cấp một mã số thuế (MST) duy nhất để sử dụng trong suốt quá trình hoạt động từ khi thành lập cho đến khi chấm dứt kể cả trường hợp cá nhân đã ngừng hoạt động kinh doanh sau đó hoạt động kinh doanh trở lại thì vẫn phải sử dụng lại MST đã được cấp trước đó. MST được dùng để kê khai nộp thuế cho tất cả các loại thuế mà đối tượng đó phải nộp, kể cả trường hợp tổ chức, cá nhân nộp thuế kinh doanh nhiều ngành nghề khác nhau hoặc hoạt động sản xuất, kinh doanh trên các địa bàn khác nhau.

Ngoài ra, một trong những điểm mới của Thông tư này so với các thông tư đã áp dụng trước đây đó là tổ chức, cá nhân có hoạt động xuất nhập khẩu chỉ cần làm thủ tục kê khai đăng ký thuế với cơ quan thuế để được cấp giấy chứng nhận đăng ký thuế nói chung, không cần đăng ký mã số xuất nhập khẩu cũng như cấp chứng nhận mã số xuất nhập khẩu.

Theo quy định mới, hồ sơ đăng ký cấp MST cũng được thực hiện đơn giản, gọn hơn như: Bỏ giấy đề nghị cấp MST, mẫu tờ khai được cơ quan thuế phát hành rộng rãi hơn (công khai cả trên web), có thể thực hiện thủ tục đăng ký khi chưa công chứng giấy tờ kịp hay trong khi chờ khắc dấu... Các doanh nghiệp, đơn vị, tổ chức sản xuất kinh doanh và dịch vụ thực hiện thủ tục đăng ký để được cấp MST tại cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc T.Ư. Các cá nhân, hộ kinh doanh thực hiện đăng ký MST tại chi cục thuế quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh. Cơ quan thuế có trách nhiệm cấp MST chậm nhất không quá 5 ngày đối với các hồ sơ đăng ký thuế nộp trực tiếp tại các cục thuế và 10 ngày đối với hồ sơ nộp trực tiếp tại các chi cục thuế, tính từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ đề nghị cấp MST (thay vì 8 và 12 ngày so với trước đây).

Các tổ chức, cá nhân nộp thuế đã được cấp MST theo Thông tư số 79/1998/TT-BTC ngày 12-6-1998; Thông tư số 68/2003/TT-BTC ngày 17-7-2003 của Bộ Tài chính và Thông tư số 80/2004/TT-BTC ngày 13-8-2004 của Bộ Tài chính thì vẫn được tiếp tục sử dụng giấy chứng nhận đăng ký thuế và MST đã được cấp. Bộ Tài chính giao Tổng cục Thuế chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện việc đăng ký cấp MST, cấp giấy chứng nhận đăng ký thuế và quản lý sử dụng MST.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 16-3-2006.