- Hiệp định Trị giá Hải quan của tổ chức Thương mại Thế giới WTO được chính thức áp dụng ở Việt Nam từ đầu năm 2004. Đây là một Hiệp định đa phương trong khuôn khổ WTO, và cũng là một trong những chuẩn mực quan trọng của hải quan hiện đại. Đến nay, chúng ta đã đạt được nhiều thành quả đáng kể như tạo chủ động cho doanh nghiệp trong xác định trị giá, tính toán số thuế phải nộp, tạo sự công bằng giữa các doanh nghiệp trong kinh doanh hàng nhập khẩu, số thu nộp ngân sách tăng cao sau hai năm thực hiện, hầu hết các doanh nghiệp đã tuân thủ tốt các quy định.

Tuy nhiên cũng còn một số doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa nhưng khai báo giá chưa đúng thực tế nhằm tìm kiếm lợi nhuận không hợp pháp.

Để ngăn chặn tình trạng này, cũng như nâng cao hơn nữa hiệu quả thực hiện Hiệp định, tháng 5-2005, Quốc hội đã thông qua Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu sửa đổi, trong đó tạo cơ sở pháp lý cao hơn cho việc áp dụng các nguyên tắc của Hiệp định Trị giá Hải quan, đồng thời nâng cao tính chủ động và tự chịu trách nhiệm trước pháp luật của doanh nghiệp. Doanh nghiệp được quyền tự xác định trị giá tính thuế, tự khai báo và nộp thuế. Cơ quan hải quan chỉ giữ vai trò là người giám sát, quản lý và xử lý các sai phạm. Hiện tại các văn bản hướng dẫn luật đã được ban hành và có hiệu lực bắt đầu từ ngày 1-1-2006.

- Điểm khác biệt lớn nhất giữa các văn bản mới và văn bản cũ là các văn bản mới loại bỏ những quy định rườm rà, không cần thiết và thiếu minh bạch để giúp doanh nghiệp cũng như những người có liên quan khác có thể hiểu và áp dụng tốt hơn. Đồng thời, văn bản mới cũng bổ sung thêm phương pháp khấu trừ đối với hàng nhập khẩu đã qua gia công chế biến và phương pháp tính toán.

Đối tượng áp dụng xác định trị giá theo các phương pháp của WTO từ năm 2006 sẽ được mở rộng cho tất cả các hàng hóa nhập khẩu thay vì trước kia chúng ta chỉ áp dụng cho hàng nhập khẩu có hợp đồng của các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, hàng nhập khẩu theo hợp đồng từ các nước có thỏa thuận áp dụng hiệp định với hàng của Việt Nam, hàng nhập khẩu từ các nước ASEAN nằm trong danh mục cắt giảm thuế quan CEPT.

Như vậy, theo hệ thống mới, trị giá tính thuế của tất cả hàng hóa nhập khẩu đều sẽ là giá thực tế mà doanh nghiệp đã phải thanh toán để mua được lô hàng. Doanh nghiệp trả bao nhiêu tiền cho lô hàng đó thì sẽ phải tính thuế đúng cho số tiền đã trả đó. Tuy nhiên, cũng có một số trường hợp đặc biệt, như hàng đã qua sử dụng, hàng hoá xuất khẩu để sửa chữa, nay nhập khẩu trở lại Việt Nam, Bộ Tài chính sẽ có hướng dẫn riêng.

- Đối với cơ quan Hải quan, văn bản mới cho phép Hải quan được quyền xác định trị giá tính thuế thêm một số trường hợp. Đây thực chất cũng là để giúp doanh nghiệp xác định đúng trị giá tính thuế cho hàng hóa, mặt khác tiết kiệm thời gian công sức cho doanh nghiệp. Thí dụ những trường hợp doanh nghiệp không đủ khả năng xác định trị giá tính thuế cho chính hàng của mình. Chẳng hạn doanh nghiệp có mối quan hệ đặc biệt, hàng nhập khẩu là hàng do công ty mẹ từ nước ngoài đưa sang; hoặc hàng là quà tặng, doanh nghiệp được thụ hưởng không biết chính xác trị giá của lô hàng là bao nhiêu, thì cơ quan chức năng sẽ dựa trên cơ sở dữ liệu về giá và các nguyên tắc xác định trị giá đã có để giúp doanh nghiệp xác định trị giá.

Một điểm mới nữa cũng khá quan trọng là hệ thống văn bản mới sẽ cho phép doanh nghiệp được nhận hàng ngay cả khi chưa xác định được trị giá tính thuế tại thời điểm làm thủ tục Hải quan. Tất nhiên, doanh nghiệp sẽ phải đáp ứng được một số điều kiện nhất định, đặc biệt là phải có sự bảo đảm về mặt kinh tế. Tức là trước khi nhận hàng doanh nghiệp sẽ phải nộp một khoản bảo đảm rằng sau khi đã xác định được trị giá tính thuế thì doanh nghiệp sẽ tính toán và nộp đủ số thuế phải nộp của lô hàng. Khoản bảo đảm này thực chất chưa phải là tiền thuế mà mới chỉ là khoản đặt cọc của doanh nghiệp cho số thuế của hàng nhập khẩu mà thôi.