Công ty xuất nhập khẩu nông sản và tiểu thủ công nghiệp Bà Rịa - Vũng Tàu (gọi tắt là Sinhanco) được thành lập năm 1992 với chức năng kinh doanh xuất nhập khẩu và tiêu thụ trong nước các mặt hàng nông sản, hàng tiểu thủ công nghiệp và sản xuất lắp ráp xe máy do ông Đặng Tấn Thành làm giám đốc. Tuy nhiên, hầu bao tài chính của công ty này đều do bà Huỳnh Liên Thuận nắm giữ từ khi mới thành lập công ty cho đến khi Thuận thay thế chiếc ghế giám đốc của ông Thành vào tháng 7-2001. Và ngay từ khi còn ở cương vị "thuyền phó" của Sinhanco, Huỳnh Liên Thuận đã có những sai phạm lớn.

Theo cáo trạng, năm 1998, khi còn làm Phó giám đốc Sinhanco, lợi dụng chủ trương của Nhà nước cho phép doanh nghiệp Việt Nam đổi hàng với Lào để lấy xe gắn máy, Thuận đã xin Bộ Thương mại cấp giấy phép nhập khẩu (theo phương thức "hàng đổi hàng") tổng cộng 12.123 chiếc xe gắn máy. Song trên thực tế, số hàng hóa mà Thuận thực xuất qua Lào chỉ tương đương... 220 chiếc xe gắn máy. Số còn lại đều là nhập lậu và trị giá lô hàng nhập lậu này (sau khi trừ thuế nhập khẩu) là trên 185 tỷ đồng. Cũng từ việc làm gian dối này khiến cho Huỳnh Liên Thuận tiếp tục trượt dài vào con đường phạm pháp. Và cuối cùng, nghiêm trọng nhất là việc chi hối lộ trên 3 tỷ đồng để "chạy án".

Năm 1998, Công ty Sinhanco bị Hải quan TP Hồ Chí Minh khởi tố vụ án "nhập lậu 120 bộ linh kiện xe gắn máy" và chuyển cho Cơ quan điều tra, Công an TP Hồ Chí Minh để xem xét. Huỳnh Liên Thuận đã gặp Lê Văn Thắng (lúc đó là cán bộ hải quan tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu) nhờ Thắng "tìm thầy chạy thuốc". Thắng thông qua "cầu nối" Nguyễn Bá Thúy (còn gọi là Dũng, lúc này là nhân viên Công ty Bình Minh, trực thuộc Bộ Công an) để gặp Nguyễn Thanh Hải (còn gọi là Hải "đại nhân").

Do cả Thắng và Thúy đều tin tưởng Hải "đại nhân" là sĩ quan công an, công tác ở Cục Tình báo (Bộ Công an) nên Huỳnh Liên Thuận đã mạnh dạn móc hầu bao chi trên 1,3 tỷ đồng để chạy án. Sau khi bị "bớt xén", số tiền này khi đến tay Hải "đại nhân" chỉ còn lại 920 triệu đồng. Với số tiền này, Hải khai: đã chi cho ông Trần Văn Trí (lúc đó là Trưởng phòng Tham mưu, Cục An ninh điều tra - Bộ Công an) 470 triệu đồng nhưng số tiền này cũng chỉ đủ để Hải "mua" những thông tin về chủ trương của cấp trên quanh vụ việc của Sinhanco từ ông Trí. Tuy nhiên, về phần mình, ông Trí đã phủ nhận lời khai của Hải. Và theo cơ quan điều tra, không có chứng cứ để chứng minh ông Trí đã nhận 470 triệu đồng của Nguyễn Thanh Hải.

Cuối năm 2002, Huỳnh Liên Thuận liên tục bị Cơ quan điều tra (Bộ Công an) triệu tập để làm việc. Thuận lại liên lạc với Lê Văn Thắng, Nguyễn Thanh Hải để tìm đường chạy tội. Sau khi bàn bạc, Thuận lại chi thêm trên 1,7 tỷ đồng. Tuy nhiên, số tiền một lần nữa lại bị "rơi rụng" qua nhiều "cò" và khi đến tay Nguyễn Thanh Hải chỉ còn có 1,22 tỷ đồng. Cũng theo lời khai của Hải thì ông Trí đã đồng ý giúp đỡ với giá trọn gói là 60.000 USD và Hải đã ứng trước cho ông Trí 22.000 USD, còn lại 900 triệu đồng, Hải giao cho vợ cất giữ để khi ông Trí cần thì đưa. Tuy nhiên, khi vụ việc vỡ lở, một lần nữa ông Trí lại phủ nhận lời khai của Hải. Và cơ quan công an cũng kết luận không có cơ sở để chứng minh ông Trí đã nhận tiền của Hải.

Ngoài ra, Huỳnh Liên Thuận còn khai, năm 1999, Sinhanco bị Cục Cảnh sát kinh tế (Bộ Công an) kiểm tra về việc nhập khẩu linh kiện xe gắn máy, Thuận đã chi cho ông Nguyễn Thiện Hùng (cán bộ của tổ kiểm tra) 30.000 USD. Sau đó, ông Hùng còn hỏi mượn tiền Thuận nhiều lần tổng cộng 550 triệu đồng, đến nay vẫn chưa trả. Tuy nhiên, cơ quan điều tra cho rằng chưa đủ cơ sở vững chắc để kết luận những lời khai trên là sự thật nên chưa đủ căn cứ để xử lý hình sự ông Nguyễn Thiện Hùng.