Trong số 17 bị cáo, hai người bị truy tố với hai tội danh "buôn lậu" và "trốn thuế" gồm: Nguyễn Gia Thiều (SN 1965, nguyên Giám đốc Công ty Đông Nam), Phạm Anh Vũ (SN 1975, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Thiên Anh, Hà Nội).

10 bị cáo bị truy tố về tội buôn lậu, gồm: Nguyễn Quang Hoan (SN 1964, nguyên nhân viên Công ty TNHH TB, Hà Nội), Lê Văn Nhân (SN 1972, nguyên nhân viên Chi cục Hải quan Nội Bài, Hà Nội), Nguyễn Đăng Chiểu (SN 1964, nguyên nhân viên hải quan ga đường sắt quốc tế Yên Viên, Hà Nội), Nguyễn Đình Hiếu (SN 1967, nguyên nhân viên Chi cục Hải quan Bưu điện Hà Nội), Đào Lê Anh (SN 1972, nguyên trợ lý khai thác Văn phòng chi nhánh Hàng không Việt Nam tại Lào), Vũ Hữu Thiều (SN 1964, nguyên nhân viên kho hàng Xí nghiệp thương mại mặt đất - sân bay Nội Bài, Hà Nội), Đặng Mạnh Quyền (SN 1964, nguyên nhân viên Chi cục Hải quan Nội Bài, Hà Nội), Huỳnh Tiến Dũng (SN 1974, nguyên Giám đốc trung tâm dịch vụ chuyên nghiệp thiết bị viễn thông thuộc Công ty xuất nhập khẩu máy TPHồ Chí Minh), Đỗ Liên Anh (SN 1969, nguyên nhân viên Công ty Đông Nam) và Nguyễn Thị Vinh Quang (SN 1946, nguyên cán bộ Cục Hải quan TPHồ Chí Minh). Ngoài ra, Nguyễn Gia Thiều và Phạm Anh Vũ cùng bị truy tố về tội “trốn thuế”.

Năm bị cáo bị truy tố về tội “thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”: Vũ Công Năm (SN 1966, nguyên nhân viên Chi cục Hải quan Nội Bài, Hà Nội), Cao Văn Nhật (SN 1955, nguyên nhân viên Chi cục Hải quan Nội Bài, Hà Nội), Nguyễn Văn Thụ (SN 1963, nguyên nhân viên Chi cục Hải quan Nội Bài, Hà Nội), Lương Thị Dương (SN 1960, nguyên nhân viên Chi cục Hải quan Nội Bài, Hà Nội) và Trần Hồng Thái (SN 1972, nguyên nhân viên Chi cục Hải quan Nội Bài, Hà Nội).

Theo cáo trạng của Viện KSND tối cao, sau 14 lần thay đổi ngành nghề kinh doanh, Công ty Đông Nam của Nguyễn Gia Thiều tăng vốn điều lệ từ 15 lên 45 tỷ đồng với chức năng chính là kinh doanh mua bán, sửa chữa bảo hành điện thoại di động các loại. Để khuyếch trương quy mô, Nguyễn Gia Thiều thành lập các công ty con như: Công ty TNHH phát triển công nghệ (37 - Ngô Thì Nhậm, Hà Nội), Công ty TNHH TB, Công ty TNHH Hưng Đạo (21 - Trần Hưng Đạo, Hà Nội), Công ty TNHH Tam Nguyên (147Bis - Hai Bà Trưng, TP Hồ Chí Minh) và một số doanh nghiệp tư nhân khác nhập khẩu điện thoại di động...

Để tăng lợi nhuận trong kinh doanh, Nguyễn Gia Thiều đã tổ chức nhập lậu điện thoại di động về Việt Nam thông qua Phạm Anh Vũ, Huỳnh Tiến Dũng, Đỗ Liên Anh, Nguyễn Quốc Tuấn. Việc nhập lậu điện thoại di động được thực hiện bằng nhiều hình thức, như: gửi qua đường phi mậu dịch dưới danh nghĩa quà biếu, xách tay qua cửa khẩu sân bay, gửi qua đường bưu điện với giá thỏa thuận chi phí vận chuyển từ 22USD đến 35USD/chiếc.

Phạm Anh Vũ, Huỳnh Tiến Dũng, Đỗ Liên Anh đã móc nối với một số nhân viên hải quan thuộc Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh, Cục Hải quan Hà Nội và các phi công, tiếp viên hàng không cùng thực hiện việc nhập lậu điện thoại di động cho Nguyễn Gia Thiều. Từ năm 1999 đến 2002, Thiều và đồng bọn đã nhập lậu 16.682 điện thoại di động trị giá hơn 48,1 tỷ đồng.

Ngoài ra, trong quá trình hoạt động, Nguyễn Gia Thiều đã ký hợp đồng với Công ty Đông Nam Hồng Công hạ thấp giá mua điện thoại so với thực tế nhằm trốn thuế nhập khẩu, đồng thời Thiều ký các hợp đồng mua bán điện thoại trong nước thấp hơn so với mức thực tế kinh doanh, chỉ đạo nhân viên lập hai hệ thống sổ sách kế toán để trốn thuế thu nhập doanh nghiệp. Bằng thủ đoạn này, từ năm 1999 đến 2002, Thiều đã trốn thuế hơn 96,4 tỷ đồng.

Đây là vụ án buôn lậu có quy mô lớn, gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng xảy ra trong một thời gian dài. Vụ án gây bức xúc trong dư luận không chỉ về mức độ phạm tội nghiêm trọng của Nguyễn Gia Thiều và đồng bọn, mà còn là nằm ở quy trình thực thi tố tụng của các cơ quan chức năng.

Ngày 2-1-2003, vụ án được Cục Cảnh sát kinh tế (nay là cơ quan Cảnh sát điều tra tội phạm về quản lý kinh tế và chức vụ - Bộ Công an) chính thức khởi tố.

Đến cuối năm 2004, cơ quan công an hoàn tất kết luận, chuyển hồ sơ sang VKSND tối cao đề nghị truy tố. Tuy nhiên, đến khoảng quý 2-2005, hồ sơ lại bị tòa chuyển về cơ quan công tố yêu cầu điều tra bổ sung, vì tài liệu chỉ đủ chứng minh Nguyễn Gia Thiều và đồng bọn có hành vi buôn lậu hơn 16.600 chiếc ĐTDĐ, tổng trị giá hơn 48 tỷ đồng.

Theo lịch xét xử, phiên tòa sẽ kéo dài từ ngày 16 đến ngày 30-11, do thẩm phán Phan Bá, Phó Chánh toà hình sự TAND TP Hồ Chí Minh làm chủ tọa. Luật sư Phan Trung Hoài sẽ bào chữa cho bị cáo Nguyễn Gia Thiều. Luật sư Trương Thị Hòa, bào chữa cho Phạm Anh Vũ....

Các bị cáo trong nhóm tội thiếu trách nhiệm gồm: Vũ Công Năm, Cao Văn Nhật, Lương Thị Dương, Trần Hồng Thái không yêu cầu luật sư, các bị cáo khác đều có luật sư tham gia bào chữa.

Phía cơ quan công tố, sẽ có hai kiểm sát viên đại diện Viện KSND TP Hồ Chí Minh thực hành quyền công tố tại phiên tòa theo ủy quyền của Viện KSND Tối cao. 14 người có nghĩa vụ liên quan bị tòa triệu tập, trong đó có Hà Kiều Anh, Giám đốc Công ty TNHH Tam Nguyên, cũng là Công ty con của Nguyễn Gia Thiều.