- Cơ quan đã ra lệnh tạm giữ, tạm giam có phê chuẩn của VKS nhưng chưa hết thời hạn tạm giữ, tạm giam có phê chuẩn của VKS mà vẫn tiếp tục tạm giữ, tạm giam không có lệnh tạm giữ, tạm giam hoặc tuy có lệnh tạm giam song không được VKS phê chuẩn có trách nhiệm bồi thường toàn bộ thiệt hại về tinh thần trong trường hợp việc tạm giữ bị hủy bỏ vì người bị tạm giữ không có hành vi vi phạm pháp luật hoặc việc tạm giam bị hủy bỏ vì người bị tạm giam không thực hiện hành vi phạm tội, trừ thiệt hại do tài sản bị xâm phạm.

- Khi xác định được một người bị oan thì cơ quan có trách nhiệm bồi thường thiệt hại là cơ quan xử lý oan sau cùng mà không phụ thuộc vào cơ quan trước đó có xử lý oan một phần. Thí dụ: Cơ quan điều tra có kết luận điều tra đề nghị VKS truy tố về nhiều tội nhưng VKS chỉ truy tố về một tội, song khi xét xử Tòa án cấp sơ thẩm tuyên bố bị cáo không phạm tội vì không thực hiện hành vi phạm tội thì VKS có trách nhiệm bồi thường toàn bộ thiệt hại về tinh thần cho bị cáo, trừ thiệt hại do tài sản bị xâm phạm.

- Nếu sau khi thụ lý vụ án mà Tòa án cấp sơ thẩm ra quyết định tạm giam bị can (hoặc bị cáo) để hoàn thành việc xét xử sơ thẩm, nhưng khi xét xử Tòa án cấp sơ thẩm tuyên bố bị cáo không phạm tội và đình chỉ vụ án vì người đó không thực hiện hành vi phạm tội, bản án đã có hiệu lực pháp luật thì VKS ra quyết định truy tố có trách nhiệm bồi thường toàn bộ thiệt hại, trừ thiệt hại do tài sản bị xâm phạm.

- Nếu sau khi thụ lý vụ án mà Tòa án cấp phúc thẩm ra quyết định tạm giam bị cáo để hoàn thành việc xét xử phúc thẩm nhưng khi xét xử Tòa án cấp phúc thẩm hủy bản án sơ thẩm, tuyên bố bị cáo không phạm tội và đình chỉ vụ án vì người đó không thực hiện hành vi phạm tội thì Tòa án cấp sơ thẩm có trách nhiệm bồi thường toàn bộ thiệt hại, trừ thiệt hại do tài sản bị xâm phạm.

Những người bị oan do người có thẩm quyền trong hoạt động tố tụng hình sự gây ra được bồi thường thiệt hại về tinh thần. Tuy nhiên, theo quy định tại Điều 2 Nghị quyết số 388 thì có một số trường hợp họ không được bồi thường thiệt hại đó là người được miễn trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật; người bị xử lý về hình sự theo quy định của Bộ luật Hình sự được Quốc hội thông qua ngày 27-6-1985 đã được sửa đổi, bổ sung theo các luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Bộ luật Hình sự được Quốc hội thông qua ngày 28-12-1989, ngày 12-8-1991, ngày 22-12-1992 và ngày 10-5-1997 nhưng nay theo quy định của Bộ luật Hình sự năm 1999 thì không phải chịu trách nhiệm hình sự, những người thuộc các trường hợp quy định tại Điều 1 của Nghị quyết số 388 mà bị tổn hại về sức khỏe, tính mạng, tài sản do lỗi của chính mình hoặc do sự kiện bất khả kháng thì không được bồi thường và những người thuộc các trường hợp quy định tại Nghị quyết số 388 mà cố ý khai báo gian dối hoặc cung cấp tài liệu, vật chứng khác sai sự thật để nhận tội thay cho người khác hoặc để che giấu tội phạm.

Ngoài ra còn một số trường hợp sau đây mặc dù họ bị oan do người có thẩm quyền của cơ quan tiến hành tố tụng gây ra nhưng họ cũng không được bồi thường thiệt hại về tinh thần, đó là các trường hợp:

- Người bị khởi tố, truy tố trong vụ án hình sự được khởi tố theo yêu cầu của người bị hại nhưng vụ án đã được đình chỉ do người đã yêu cầu khởi tố rút yêu cầu trước ngày mở phiên tòa sơ thẩm, trừ trường hợp hành vi vi phạm pháp luật của họ chưa cấu thành tội phạm;

- Người bị khởi tố, truy tố, xét xử là đúng với các văn bản quy phạm pháp luật tại thời điểm khởi tố, truy tố, xét xử nhưng nay theo các văn bản quy phạm pháp luật mới được ban hành và có hiệu lực sau ngày khởi tố, truy tố, xét xử đó họ không phải chịu trách nhiệm hình sự;

- Người bị khởi tố, truy tố, xét xử về nhiều tội trong cùng một vụ án mà sau đó có quy định của cơ quan có thẩm quyền trong hoạt động tố tụng hình sự xác định người đó dù chỉ là phạm một tội còn các tội phạm khác họ không thực hiện;

- Người thực hiện hành vi vi phạm pháp luật, hành vi phạm tội đã bị tạm giữ, bị khởi tố, bị tạm giam, bị truy tố, xét xử, thi hành án mà có quyết định, bản án của cơ quan có thẩm quyền trong hoạt động tố tụng hình sự hủy bỏ quyết định, bản án đó chỉ vì lý do căn cứ vào kết luận của Hội đồng Giám định pháp y tại thời điểm thực hiện hành vi vi phạm pháp luật hành vi phạm tội người đó không có năng lực trách nhiệm hình sự.