Theo bản án đã tuyên của HĐXX, bị cáo Trần Quang chỉ bị phạt 19 năm tù về tội "Tham ô" (án sơ thẩm là tù chung thân), 3 năm tù tội "Cố ý làm trái..." (án sơ thẩm là 10 năm), tổng hợp hình phạt của hai tội danh mà bị cáo này phải chấp hành là 22 năm tù. Tương tự, các bị cáo Trần Ngọc Giao, Trần Ngọc Long và Nguyễn Mạnh Hùng đều được giảm mức án khá nhiều. Trong đó, tổng hợp hình phạt mà cấp phúc thẩm tuyên phạt đối với Trần Ngọc Giao cho cả hai tội danh "Tham ô" và "Cố ý làm trái..." chỉ là 18 năm (cấp sơ thẩm là 22 năm tù); Nguyễn Mạnh Hùng chỉ bị phạt 3 năm 6 tháng tù về tội "Cố ý làm trái" (được giảm 3 năm 6 tháng tù); Trần Ngọc Long bị phạt 3 năm tù nhưng được hưởng án treo về tội "Cố ý làm trái" (sơ thẩm là 4 năm tù) thời gian thử thách là 5 năm.

Lý do của việc giảm đáng kể hình phạt đối với các bị cáo này, theo bản án của HĐXX nhận định: Sau khi xét xử sơ thẩm, các bị cáo đã tích cực khắc phục hậu quả. Trong đó, Dương Quốc Hà không kháng cáo bản án sơ thẩm và đã nộp xong số tiền 85 nghìn USD - phần liên đới trách nhiệm với Trần Quang về hành vi tham ô tài sản. Đặc biệt, tại phiên tòa phúc thẩm, gia đình Trần Quang đã nộp thêm 3 tỷ đồng để khắc phục hậu quả; tổng cộng số tiền mà gia đình Quang đã nộp đến thời điểm này là gần 1,8 triệu USD, trong tổng số tiền chiếm đoạt là 1,9 triệu USD.

Theo tính toán của HĐXX cấp phúc thẩm, tính đến thời điểm này, hậu quả của vụ án đã được khắc phục cơ bản xong, chỉ còn phải nộp thêm 115 nghìn USD. HĐXX nhận định rằng, đây là tình tiết rất quan trọng, có ý nghĩa rất lớn trong việc xem xét giảm nhẹ đáng kể hình phạt cho bị cáo Quang.

Ngoài ra, một lý do nữa được đưa ra để giảm án cho các bị cáo là do cấp sơ thẩm tính toán số liệu các bị cáo chiếm đoạt chưa chuẩn, có phần bất lợi cho các bị cáo. Cụ thể, số tiền các bị cáo tham ô trong dự án sửa chữa giàn ballast Đại Hùng 1 chỉ là 829 nghìn USD (cấp sơ thẩm xác định là 917 nghìn USD); tiền tham ô trong dự án block 140 chỗ, các bị cáo Hà, Quang Thường là 2,17 triệu USD (không phải hơn 2,2 triệu USD như cấp sơ thẩm đã tuyên), trong đó thực chất đã chiếm đoạt chưa đến 1,1 triệu USD.

Về phần trách nhiệm dân sự, HĐXX đã tuyên tịch thu sung quỹ tổng số tiền các bị cáo có hành vi phạm tội từ các dự án sửa chữa giàn ballast Đại Hùng 1 và dự án block 140 chỗ là 3,2 triệu USD (lấy tròn số), chứ không phải 3,4 triệu USD như đề nghị của đại diện VKS tại phiên tòa phúc thẩm.

Nhận định về hành vi phạm tội của các bị cáo, HĐXX cấp phúc thẩm khẳng định án sơ thẩm qui kết các bị cáo Nguyễn Quang Thường, Trần Quang, Dương Quốc Hà, Trần Ngọc Giao, Cao Duy Chính đã câu kết với nhau trong việc nâng giá thầu của dự án block 140 chỗ từ 15,5 triệu USD lên 16,9 triệu USD để lấy tiền chia nhau là có căn cứ pháp luật phù hợp với các chứng cứ, tài liệu thu thập được trong quá trình điều tra. Việc các bị cáo Quang, Giao sau phiên xử sơ thẩm đã kháng cáo kêu oan là không có cơ sở để chấp nhận.

Đối với Nguyễn Mạnh Hùng đã có hành vi cố ý làm trái trong việc giúp sức cho Nguyễn Quang Thường và Trần Quang soạn thảo Hợp đồng 02, ký đề xuất thanh toán vào 55 bộ hóa đơn chứng từ giả mạo để giúp các bị cáo chiếm đoạt tiền nhà nước là có đầy đủ dấu hiệu của tội cố ý làm trái. Xét về hành vi phạm tội của bị cáo, cấp sơ thẩm kết tội là thỏa đáng, tuy nhiên về hình phạt có phần nghiêm khắc so với các bị cáo khác nên cấp phúc thẩm giảm án.

Đối với bị cáo Trần Ngọc Long, HĐXX phúc thẩm xác định bị cáo phạm tội trong điều kiện, hoàn cảnh bị phụ thuộc vào anh ruột (Trần Ngọc Giao) và anh rể (Trần Quang), bản thân không tư lợi, cấp sơ thẩm tuyên 4 năm tù là nặng nên giảm hình phạt.