Theo Thông tư 95, nhà đất không phải nộp lệ phí trước bạ gồm: nhà, đất là trụ sở của cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự và nhà ở của người đứng đầu cơ quan lãnh sự của nước ngoài tại Việt Nam; Đất được Nhà nước giao cho các tổ chức, cá nhân sử dụng vào các mục đích như: Đất sử dụng vào mục đích công cộng; Đất sử dụng thăm dò, khai thác khoáng sản, nghiên cứu khoa học theo giấy phép của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền; Đất sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thủy sản và làm muối; Đất xây dựng nhà để bán mà tổ chức, cá nhân được phép hoạt động kinh doanh nhà đã nộp tiền sử dụng đất theo quy định của pháp luật (trừ trường hợp xây dựng nhà để ở, để kinh doanh nhà nghỉ, khách sạn hoặc cho thuê nhà và hoạt động kinh doanh khác).

Ngoài ra, còn một số trường hợp không phải nộp như: Đất thuê mà tổ chức, cá nhân thuê đất không đăng ký quyền sử dụng đất với cơ quan Nhà nước có thẩm quyền; Đất sử dụng vào mục đích cộng đồng của các tổ chức tôn giáo, cơ sở tín ngưỡng được Nhà nước công nhận hoặc cho phép hoạt động; Nhà, đất chuyên dùng phục vụ quốc phòng, an ninh là nhà kèm theo đất do các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ Quốc phòng, Bộ Công an quản lý sử dụng. Đặc biệt, nhà, đất được đền bù (kể cả nhà đất mua bằng tiền đền bù) khi Nhà nước thu hồi mà tổ chức, cá nhân bị thu hồi nhà, đất đã nộp lệ phí trước bạ (hoặc không phải nộp, hoặc được miễn lệ phí trước bạ theo quy định của pháp luật) đối với nhà đất bị thu hồi đều không phải nộp lệ phí trước bạ.

Trường hợp tổ chức, cá nhân được nhận đền bù bằng tiền, sau đó mua nhà, đất khác với diện tích lớn hơn phần diện tích nhà, đất bị thu hồi thì chỉ được miễn nộp lệ phí trước bạ tương ứng với phần diện tích nhà, đất bị thu hồi. Trường hợp tổ chức, cá nhân bị thu hồi nhà, đất chưa nộp lệ phí trước bạ đối với nhà, đất bị thu hồi thì phải nộp lệ phí trước bạ đối với nhà, đất được đền bù hoặc mua bằng tiền đền bù theo quy định hiện hành.

Thông tư 95 nêu rõ: Hộ gia đình, cá nhân khi được cấp GCN quyền sở hữu nhà ở, quyền sử dụng đất ở mà chưa nộp hoặc nộp chưa đủ số tiền lệ phí trước bạ phải nộp theo quy định thì được ghi nợ lệ phí trước bạ nhà ở, đất ở với các đối tượng sau đây: Nhà ở, đất ở của hộ gia đình, cá nhân thuộc Chương trình phát triển kinh tế-xã hội các xã đặc biệt khó khăn, miền núi, vùng sâu, vùng xa; nhà ở, đất ở của hộ gia đình, cá nhân là đồng bào dân tộc thiểu số ở Tây Nguyên và các đối tượng khác được ghi nợ lệ phí trước bạ theo quy định của Chính phủ.

Tuy nhiên, không áp dụng ghi nợ lệ phí trước bạ đối với các đối tượng nêu trên trong những trường hợp hộ gia đình, cá nhân sử dụng nhà, đất vào mục đích khác ngoài mục đích nhà ở, đất ở như: nhà, đất sử dụng vào mục đích sản xuất, kinh doanh, dịch vụ (nhà nghỉ, khách sạn, cửa hàng, cửa hiệu, nhà kho, nhà làm việc, trụ sở công ty...); trừ trường hợp cơ sở kinh doanh gắn liền với nhà ở, đất ở.

Trường hợp hộ gia đình, cá nhân thuộc đối tượng được ghi nợ lệ phí trước bạ nhưng đã nộp lệ phí trước bạ thì không hoàn trả số tiền lệ phí trước bạ đã nộp để chuyển sang ghi nợ. Đối với những nhà ở, đất ở của hộ gia đình, cá nhân đã được cấp GCN quyền sở hữu, sử dụng mà trên giấy đó có ghi "Nợ lệ phí trước bạ" thì khi thực hiện chuyển nhượng, chuyển đổi nhà, đất đó phải nộp tiền lệ phí trước bạ còn ghi nợ trước khi chuyển nhượng, chuyển đổi theo giá tính lệ phí trước bạ tại thời điểm kê khai lệ phí trước bạ.

Thông tư 95 nêu rõ, lệ phí trước bạ nhà, đất là 1% của giá trị tài sản tính lệ phí trước bạ. Đối với đất giá trị tính lệ phí trước bạ bằng giá 1m2 đất nhân với diện tích đất chịu lệ phí trước bạ. Trong đó, giá đất là giá đất do UBND tỉnh, thành phố quy định. Riêng đối với đất kèm theo nhà thuộc sở hữu Nhà nước bán cho người đang thuê theo Nghị định số 61/CP, giá tính lệ phí trước bạ là giá bán thực tế ghi trên hóa đơn bán nhà đất.

Cũng theo Thông tư 95, hồ sơ kê khai lệ phí trước bạ nhà, đất nộp tại Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất hoặc Phòng Tài nguyên và Môi trường quận, huyện hoặc UBND xã, thị trấn gồm: tờ khai lệ phí trước bạ; Giấy tờ chứng minh nhà, đất có nguồn gốc hợp pháp và các giấy tờ chứng minh tài sản (hoặc chủ tài sản) thuộc đối tượng không phải nộp lệ phí trước bạ hoặc được miễn lệ phí trước bạ (nếu có).

Thông tư 95 còn chỉ rõ, trường hợp, nộp chậm tiền lệ phí trước bạ, tiền phạt so với ngày quy định thì ngoài việc phải nộp đủ số tiền lệ phí trước bạ, số tiền phạt phải nộp, mỗi ngày nộp chậm còn phải nộp phạt bằng 0,1% số tiền chậm nộp. Trường hợp do cơ quan Thuế thiếu tinh thần trách nhiệm hoặc do xử lý sai gây thiệt hại cho người nộp lệ phí trước bạ thì phải bồi thường thiệt hại cho người bị xử lý sai theo quy định của pháp luật và tùy theo tính chất, mức độ vi phạm còn có thể bị xử lý kỷ luật hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật.