Ngày 29/9/2008, cơ quan CSĐT Công an tỉnh Khánh Hòa ra quyết định khởi tố vụ án hình sự,  khởi tố bị can và thực hiện lệnh bắt khẩn cấp đối với Huỳnh Ngọc Chinh về tội "Giết người" quy định tại Điều 93, Bộ Luật Hình sự. Ngày 30/9, hồ sơ vụ án được chuyển sang Viện Kiểm sát Nhân dân tỉnh Khánh Hòa để phê chuẩn.

Theo cơ quan điều tra: Khoảng 8h sáng ngày 28/9, khi Huỳnh Ngọc Chinh đang ngồi uống cà phê tại nhà mẹ vợ ở thôn Cư Thạnh thì thấy Trịnh Văn Thành chạy xe máy ngang qua. Chinh biết Thành chơi thân với Luật mà Luật thì lại đang mâu thuẫn với Chinh nên thế nào Thành cũng chở Luật quay trở lại đánh. Để thủ thân, Chinh vào nhà lấy khẩu súng bắn cá của gia đình lên đạn chờ sẵn.

Khoảng 15 phút sau, Luật chạy xe máy chở Thành chạy đến, trên tay Thành có cầm con rựa. Đi đến trước cửa nhà mẹ vợ Chinh, Luật dừng xe. Thành vừa nhảy xuống đất thì cũng là lúc Chinh cầm súng bắn cá từ trong nhà chạy ra. Thấy Chinh có súng, Thành bỏ chạy ngay. Luật chưa kịp dựng xe thì bị Chinh bắn một phát trúng vào ngực. Luật bỏ chạy được một đoạn rồi ngã xuống đất, được nhân dân trong xóm đưa đi cấp cứu, nhưng đã tử vong khi chưa tới bệnh viện. Thành thấy Luật bị Chinh bắn đã quay lại dùng rựa chém Chinh. Nhưng khi thấy Ngô Trần Hoàng Duy, em vợ Chinh từ trong nhà chạy ra Thành lại quay đầu bỏ chạy. Chinh đuổi theo dùng rựa chém mấy nhát vào người làm Thành bị thương. 13h ngày 28/9/2008, Huỳnh Ngọc Chinh đến cơ quan Công an đầu thú.