Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt Chương trình mục tiêu quốc gia phòng, chống một số bệnh XH, bệnh dịch nguy hiểm HIV/AIDS giai đoạn 2001-2005.Mục tiêu của chương trình là giữ vững thành quả đã đạt được của những năm trước đây, chủ động phòng, chống dịch, dập tắt kịp thời, không để dịch xảy ra. Giảm tỷ lệ mắc, tỷ lệ chết do một số bệnh xã hội, bệnh dịch nguy hiểm và HIV/AIDS, tăng tuổi thọ của người dân.

Ðối với dự án phòng chống sốt rét: giảm tỷ lệ mắc bệnh xuống dưới 4,1% số dân, giảm tỷ lệ người chết do sốt rét xuống 0,15/100.000 dân. Dự án phòng chống lao: khống chế và đẩy lùi tỷ lệ mắc bệnh lao mới, đến năm 2005 còn khoảng 72/100.000 bệnh nhân lao mới; điều trị khỏi cho khoảng 92% số bệnh nhân lao. Dự án phòng chống sốt xuất huyết: giảm tỷ lệ mắc bệnh xuống còn 109/100.000 dân; giảm tỷ lệ số người chết/số người mắc bệnh xuống còn 0,17%. Dự án phòng, chống phong giữ vững thành quả đạt được, loại trừ bệnh phong trên địa bàn cấp huyện theo tiêu chuẩn của Tổ chức y tế thế giới và của Việt Nam, điều trị đa hoá trị liệu cho 6.800 bệnh nhân, phục hồi chức năng cho 5.000 bệnh nhân. Dự án phòng chống bướu cổ hoàn thành mục tiêu thanh toán các bệnh thiếu i-ốt, đưa tỷ lệ bướu cổ trẻ em 8-10 tuổi xuống còn 5%. Dự án phòng chống suy dinh dưỡng trẻ em, hạ tỷ lệ suy dinh dưỡng trẻ em dưới 5 tuổi xuống dưới 25%. Dự án tiêm chủng mở rộng tiếp tục duy trì tiêm chủng đủ vác xin phòng bệnh cho trẻ em đạt trên 90%. Dự án phòng chống HIV/AIDS hạn chế tốc độ lây lan trong cộng đồng, làm chậm quá trình tiến triển của HIV thành AIDS, làm giảm tác hại của HIV/AIDS đối với sự phát triển kinh tế-xã hội. Ngoài ra, chương trình còn có các dự án bảo vệ sức khoẻ tâm thần cộng đồng và dự án bảo đảm chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm.